ComplexHeatmap 包中切片的顺序

Question

我在 R 中使用 ComplexHeatmap 包，并通过 k 均值聚类（行和列）分割我的热图。行的聚类效果很好。对于列，我得到一个 4 列簇（对照）和一个 8 列簇（处理），这很好。但是，对于某些热图，控制滑块位于右侧，而对于某些热图，控制滑块位于左侧。我想统一订购它们（左侧对照，右侧处理）。当我使用 column_split 函数重新排列切片时，我得到 3 个簇而不是 2 个。我该如何解决这个问题？预先感谢您。

Heatmap(mat, name = "mat", border=TRUE, rect_gp =gpar(col="white", lwd=1),
column_km = 2, row_km = 2, row_km_repeats = 100, column_km_repeats = 100,
show_parent_dend_line = FALSE,
column_split = factor(c(rep("A",8),rep("B",4)), levels = c("B","A")))

Answer 1

好吧，我想到了一个想法，但这不是直接的解决方案。

我没有使用默认的 k-means 分区，而是为 column_split 分配了一个分区向量。

pa = cluster::pam(t(mat), k = 2)

Heatmap(mat, name = "mat", border=TRUE, rect_gp =gpar(col="white", lwd=1),
row_km = 2, row_km_repeats = 100, show_parent_dend_line = FALSE,
column_split = paste("pam", pa$clustering))

我仍然希望有其他解决方案。

Answer 2

向热图添加附加参数

cluster_column_slices = FALSE

,

Heatmap(mat, name = "mat", border=TRUE, rect_gp =gpar(col="white", lwd=1), column_km = 2, row_km = 2, row_km_repeats = 100, column_km_repeats = 100, show_parent_dend_line = FALSE, cluster_column_slices = FALSE, column_split = factor(c(rep("A",8),rep("B",4)), levels = c("B","A")))

将解决您的问题。 在这种情况下，您可以通过将分类变量设置为因子来控制切片的顺序。 将

cluster_column_slices

设置为

FALSE

将停止应用于切片平均值的自动附加聚类。 正如 ComplexHeatmap 文档所述，请参阅 https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/a-single-heatmap.html#order-of-slices