如何使用 nco 或 cdo 查找 netcdf 文件中第一个正条目的时间/日期？

Question

我有一个值的时间序列，我想找到数据序列变为正值时第一个时间步长的时间或日期。我知道我可以将其读入 python、R 或 Fortran 脚本中来执行此操作，但我想知道是否可以使用 nco 或 cdo 从 BASH 中的命令行执行此操作？

我想用

cdo gec,0.0 in.nc out.nc

做一个面具，但这对我没有多大帮助。我需要以某种方式根据数据的符号分割文件，然后我可以简单地使用

获取日期

cdo showdate 

通过管道输入 awk。

这里有一个小示例文件的链接：

http://clima-dods.ictp.it/Users/tompkins/se/trmm_per10_pc0_year2000_nc2.nc

有什么建议吗？

Answer 1

我绞尽脑汁也想不出对付士官的灵丹妙药。 我为 ncap2 编写了以下代码片段。 （ncap2 中的循环未优化） 要运行代码片段，请使用命令

ncap2 -v -O -S sign.nco  trmm_per10_pc0_year2000_nc2.nc foo.nc out.nc

/****************** sign.nco***********************************/
lon_sz=$lon.size;
lat_sz=$lat.size;
time_sz=$time.size;
*precip_prev=precip(0,0,0);
*precip_cur=2.0;
for(*idx=0;idx<time_sz;idx++)
{
   for(*jdx=0;jdx<lat_sz;jdx++)
   {

     for(*kdx=0;kdx<lon_sz;kdx++)
     {
      precip_cur= precip(idx,jdx,kdx);
      if( precip_cur > 0.0 && precip_prev<0.0)
         print(time(idx));

         precip_prev=precip_cur;

    }
  }
}
/***************************************************************/

Answer 2

编辑答案：

通过 CDO v1.8.0 中添加的新

timcumsum

函数 (https://code.zmaw.de/projects/cdo/embedded/index.html#x1-3300002.8.1)，此任务可以现在已完成网格字段：

cdo gec,0 precip.nc mask.nc      # positive entries are 1, negative are zero
cdo timcumsum mask.nc maskcum.nc # sum the mask in the time direction

# invert the mask so that you have 1 at start, but then zero from 1st +ve val
cdo lec,0.5 maskcum.nc maskinv.nc   

# sum this new mask, and add 1, result is timestep when first positive value occurs:
cdo addc,1  -timcumsum maskinc.nc stepfirstpos.nc 

我认为这个函数只需一行即可完成所有工作

cdo addc,1 -timcumsum -lec,0.5 -timcumsum -gec,0 precip.nc stepfirstpos.nc

原答案：

我花了一年的时间，但我找到了一种方法，结合 NCO 和 CDO 来实现这一点，但不是网格字段：

#!/bin/bash
# code to find date of first positive file entry
file=trmm_per10_pc0_year2000_nc2.nc
# set negative values to missing
cdo -s setrtomiss,-1.e36,0.0 $file set.nc
ntime=`cdo -s ntime set.nc`  # number of steps in file
# loop over steps to find first positive value
for i in `seq 1 ${ntime}` ; do
  # nco counts from step 0, cdo from 1 
  ncoi=`expr $i - 1` 
  # print out the value in step i
  op=`ncks -d time,$ncoi -s "%16.10f\n" -H -C -v precip set.nc`
  if [[ $op != "_" ]] ; then  # not missing
    # print the date of timestep i
    cdo -s showdate -seltimestep,$i set.nc
    rm -f set.nc 
    exit
  fi
done
# no positive value found
rm -f set.nc
echo "All values in $file are negative"