ViSEAGO - 感兴趣的基因：“背景”和“选择”文件输入

Question

我正在尝试使用 ViSEAGO 在番茄中对差异甲基化基因 (DMG) 进行 GO 可视化。

根据ViSEAGO指南（http://127.0.0.1:27724/library/ViSEAGO/doc/ViSEAGO.html#information-session），需要两个文件作为输入：“背景”和“选择” .但是没有关于文件类型、列表、数据内容等的描述……

有谁知道“背景”和“选择”输入的正确文件格式是什么？

• 对于“背景”，我使用了来自 EnsemblPlants 的 gff3 格式的 Solanum lycopersicum 基因集（https://plants.ensembl.org/info/data/ftp/index.html）。

• 对于“选择”，我在一个简单的 txt 文件中使用了 DMG ID 列表（es.Solyc12g345678.1.1）.

从 EnsemblPlants 加载此文件和 GO 注释 (myGENE2GO) 后，当我运行以下代码时（来自 ViSEAGO 指南）：

# create topGOdata for BP

BP<-ViSEAGO::create_topGOdata( geneSel=selection, allGenes=background, gene2GO=myGENE2GO,  ont="BP", nodeSize=5 )

我得到一个错误：

allGenes contain genes redondancy. duplicate elements were removed. geneSel contain genes redondancy. duplicate elements were removed. **Error in .local(.Object, ...) : allGenes must be a factor with 2 levels**

任何人都知道为什么我得到这个错误？