我正在尝试使用 ViSEAGO 在番茄中对差异甲基化基因 (DMG) 进行 GO 可视化。
根据ViSEAGO指南(http://127.0.0.1:27724/library/ViSEAGO/doc/ViSEAGO.html#information-session),需要两个文件作为输入:“背景”和“选择” .但是没有关于文件类型、列表、数据内容等的描述……
有谁知道“背景”和“选择”输入的正确文件格式是什么?
对于“背景”,我使用了来自 EnsemblPlants 的 gff3 格式的 Solanum lycopersicum 基因集(https://plants.ensembl.org/info/data/ftp/index.html)。
从 EnsemblPlants 加载此文件和 GO 注释 (myGENE2GO) 后,当我运行以下代码时(来自 ViSEAGO 指南):
# create topGOdata for BP
BP<-ViSEAGO::create_topGOdata( geneSel=selection, allGenes=background, gene2GO=myGENE2GO, ont="BP", nodeSize=5 )
我得到一个错误:
allGenes contain genes redondancy. duplicate elements were removed. geneSel contain genes redondancy. duplicate elements were removed. **Error in .local(.Object, ...) : allGenes must be a factor with 2 levels**
任何人都知道为什么我得到这个错误?