我最近尝试使用
breseq
来分析一些细菌测序数据。然而,当 breseq
使用 bowtie2
将原始数据与参考基因组对齐时,我遇到了致命错误。
这是我得到的错误的关键部分:
+++ NOW PROCESSING Read alignment to reference genome
[system] bowtie2-build -q test_breseq/data/reference.fasta test_breseq/02_reference_alignment/reference
[system] bowtie2 -t -p 4 --local -L 31 --ma 1 --mp 3 --np 0 --rdg 2,3 --rfg 2,3 --ignore-quals -k 2000 -i S,1,0.25 --score-min L,0,0.9 --reorder -x test_breseq/02_reference_alignment/reference -U test_breseq/01_sequence_conversion/MRSA_10C.1.converted.fastq -S test_breseq/02_reference_alignment/MRSA_10C.1.stage1.sam --un test_breseq/02_reference_alignment/MRSA_10C.1.stage1.unmatched.fastq
Error: the match penalty is greater than 0 (1) but the --score-min function can be less than or equal to zero. Either let the match penalty be 0 or make --score-min always positive.
Error: Encountered internal Bowtie 2 exception (#1)
Command: /usr/bin/bowtie2-align-s --wrapper basic-0 -t -p 4 --local -L 31 --ma 1 --mp 3 --np 0 --rdg 2,3 --rfg 2,3 --ignore-quals -k 2000 -i S,1,0.25 --score-min L,0,0.9 --reorder -x test_breseq/02_reference_alignment/reference --passthrough -U test_breseq/01_sequence_conversion/MRSA_10C.1.converted.fastq
(ERR): bowtie2-align exited with value 1
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!> FATAL ERROR <!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
Error running command:
[system] bowtie2 -t -p 4 --local -L 31 --ma 1 --mp 3 --np 0 --rdg 2,3 --rfg 2,3 --ignore-quals -k 2000 -i S,1,0.25 --score-min L,0,0.9 --reorder -x test_breseq/02_reference_alignment/reference -U test_breseq/01_sequence_conversion/MRSA_10C.1.converted.fastq -S test_breseq/02_reference_alignment/MRSA_10C.1.stage1.sam --un test_breseq/02_reference_alignment/MRSA_10C.1.stage1.unmatched.fastq
Result code: 256
FILE: libbreseq/common.h LINE: 1384
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
运行
bowtie2
(samtools
,转换FASTQ)之前的所有步骤都正常工作。根据错误,这是因为score-min函数,它的最低分数为0(--score-min L,0,0.9
)。当我将函数更改为 bowtie2
(0 被 0.1 替换)时,--score-min L,0.1,0.9
的命令单独起作用。但看起来这部分是在 breseq
本身中编码的(不是吗?)。
有关我的问题的更多详细信息:
- 运行
breseq
的命令是:breseq -o OUTPUT_DIR -j 4 -r REFERENCE.fastq RAWDATA.1.FASTQ.GZ RAWDATA.2.FASTQ.GZ
bowtie2
的版本:2.3.0breseq
的版本:0.29.0这是一个错误还是我只是错误地使用了它?我将不胜感激任何意见或建议。
没错。此错误是由新的 Bowtie2 版本 (2.3.0) 中的更改导致的,该更改不允许 breseq 用于调用它的选项。
下一个版本的breseq将更新其选项以与新的bowtie2兼容。我应该在一两周内发布这个。如果您想从该代码构建并使用领结 2.3.0,则该代码已签入 GitHub 存储库。或者,您可以暂时使用2.2.9版本的bowtie2和当前版本的breseq。
我对
--score-min L,0,0.9
有同样的问题,因为我有90%或更多的身份。怎么解决呢?如果我把它改成--score-min L,0.1,0.9
,身份阈值会改变很多吗?