如何在Python 3中读取edf数据

Question

如何使用Python读取edf数据？我想分析 edf 文件的数据，但无法使用 pyEDFlib 读取它。它引发了错误

OSError: The file is discontinous and cannot be read

，我不知道为什么。

Answer 1

我假设你的数据是像脑电图这样的生物时间序列，这是正确的吗？如果是这样，您可以使用 MNE 库。

您必须先安装它。由于它不是标准库，请查看here。然后，您可以使用

read_raw_edf()

方法。

例如：

import mne
file = "my_path\\my_file.edf"
data = mne.io.read_raw_edf(file)
raw_data = data.get_data()
# you can get the metadata included in the file and a list of all channels:
info = data.info
channels = data.ch_names

有关数据对象的其他属性，请参阅上面链接中的文档

Answer 2

使用 pyedflib 读取 edf 文件的另一种方法 --> 数组（如果由于依赖性原因不想使用 mne）：

 import pyedflib
 def edf_to_arr(edf_path):
    f = pyedflib.EdfReader(edf_path)
    n = f.signals_in_file
    signal_labels = f.getSignalLabels()
    sigbufs = np.zeros((n, f.getNSamples()[0]))
    for i in np.arange(n):
        sigbufs[i, :] = f.readSignal(i)
    
    return sigbufs

这里有更多文档：pyedflib docs