如何绘制案例队列对象、cch 对象

Question

您知道如何绘制病例队列研究吗？在该研究中，我们执行 Cox 回归来估计不同协变量的 HR，其中我对潜在的分子生物标志物及其预后效率特别感兴趣。问题是我尝试了“survminer”包中的可用功能。它需要一个对象类“survfit”，它似乎不支持“cch”对象。

正如我提到的，我想评估几个变量的预后价值。该对象来自包含 189 个控件和 55 个案例的数据库。我评估多个分子标记，但我将粘贴一个特定的对象并应用通用公式

一如既往地感谢您！

#case-cohort: cch function from the survival package

library(survival)

result <- cch(Surv(timetoevent, event) ~ age+ sex+ smoke+ box + weight + cholesterol+ cholesterol_HDL +  molecular_marker, data = dat, subcoh =  ~ casecohort2, id = ~parti, cohort.size = 5404, method = "LinYing", robust = TRUE)

示例中的对象“cch”

Answer 1

您可以通过在对象上调用

summary

来获取系数表。然后，只需将其转换为数据框并像使用任何其他数据框一样使用 

ggplot

:

进行绘图

library(tidyverse)

summary(example)$coefficients %>%
  as.data.frame() %>%
  rownames_to_column() %>%
  ggplot(aes(rowname, Value)) +
  geom_point(size = 1) +
  geom_errorbar(aes(ymin = Value - 1.96 * SE, ymax = Value + 1.96 * SE),
                width = 0.1)  +
  theme_minimal(base_size = 16) +
  labs(x = 'Variable')