根据列中的 ID 和日期计算平均值和标准差

Question

我是 R 新手，需要在新表中总结数据的均值和标准差：

原始数据如下所示：

ID    Day    pH
1      1      7
1      1      7.2
1      1      7.1
2      1      7.3
2      1      7.4
2      1      7.2
3      1      7
3      1      7.1
3      1      7.5
4      1      7.3
4      1      7.2
4      1      7.6
1      2      7
1      2      7.2
1      2      7.1
2      2      7.1
2      2      7.4
2      2      7.2
3      2      7.5
3      2      7.1
3      2      7.5
4      2      7.2
4      2      7.2
4      2      7.3
1      3      7.4
1      3      7.2
1      3      7.1
2      3      7.2
2      3      7.4
2      3      7.2
3      3      7.4
3      3      7.2
3      3      7.5
4      3      7.4
4      3      7.2
4      3      7.7

我想要的表格应该是这样的：

ID    Day    pHmean   pHsd
1      1      7.1      0.10
2      1      7.3      0.10
3      1      7.2      0.26
4      1      7.4      0.21
1      2      7.1      0.10
2      2      7.2      0.15
3      2      7.4      0.23
4      2      7.2      0.06
1      3      7.2      0.15
2      3      7.3      0.12
3      3      7.4      0.15
4      3      7.4      0.25

然后我想创建一个带有误差条的条形图，显示 y-achsis 上的 pH 值和 x-achsis 上的 ID，以及不同颜色条中的日期。

希望有人能帮助我！

Answer 1

作为解决方案发布，因为有一些关于这是否有效的讨论（可能是 R 版本或其他版本）：

aggregate(pH~ID+Day, dat, function(x) round(c(mean=mean(x), sd=sd(x)), 2))

## > aggregate(pH~ID+Day, dat, function(x) round(c(mean=mean(x), sd=sd(x)), 2))
##    ID Day pH.mean pH.sd
## 1   1   1    7.10  0.10
## 2   2   1    7.30  0.10
## 3   3   1    7.20  0.26
## 4   4   1    7.37  0.21
## 5   1   2    7.10  0.10
## 6   2   2    7.23  0.15
## 7   3   2    7.37  0.23
## 8   4   2    7.23  0.06
## 9   1   3    7.23  0.15
## 10  2   3    7.27  0.12
## 11  3   3    7.37  0.15
## 12  4   3    7.43  0.25

Answer 2

我建议像这样使用

aggregate

函数...

pHmean <- aggregate( pH ~ Day + ID , data = dat , FUN = mean )[,3]

dat <- cbind( aggregate( pH ~ Day + ID , data = dat , FUN = sd ) , pHmean )
dat
   Day ID         pH   pHmean
1    1  1 0.10000000 7.100000
2    2  1 0.10000000 7.100000
3    3  1 0.15275252 7.233333
4    1  2 0.10000000 7.300000
5    2  2 0.15275252 7.233333
6    3  2 0.11547005 7.266667
7    1  3 0.26457513 7.200000
8    2  3 0.23094011 7.366667
9    3  3 0.15275252 7.366667
10   1  4 0.20816660 7.366667
11   2  4 0.05773503 7.233333
12   3  4         NA 7.400000

Answer 3

对于这些值，您可以使用 plyr 包：

x
ID    Day    pH
1      1      7
1      1      7.2
1      1      7.1
2      1      7.3
2      1      7.4
2      1      7.2
3      1      7
3      1      7.1
3      1      7.5
4      1      7.3
4      1      7.2
4      1      7.6
1      2      7
1      2      7.2
1      2      7.1
2      2      7.1
2      2      7.4
2      2      7.2
3      2      7.5
3      2      7.1
3      2      7.5
4      2      7.2
4      2      7.2
4      2      7.3
1      3      7.4
1      3      7.2
1      3      7.1
2      3      7.2
2      3      7.4
2      3      7.2
3      3      7.4
3      3      7.2
3      3      7.5
4      3      7.4
4      3      7.2
4      3      7.7

require(plyr)
d1 <- ddply(x, .(ID, Day), summarize, phMean=mean(pH), pHsd=sd(pH))
d2 <- reshape(d1, v.names=c("phMean", "pHsd"), idvar="ID",     timevar="Day",direction="wide")
rownames(d2) <- d2[,1]
d2 <- t(d2[,-1])

require(gplots)
barplot2(d2[(1:nrow(d2))%%2>0.5,], beside=T, plot.ci=T, 
ci.l=d2[(1:nrow(d2))%%2>0.5,]-d2[(1:nrow(d2))%%2<0.5,],
ci.u=d2[(1:nrow(d2))%%2>0.5,]+d2[(1:nrow(d2))%%2<0.5])

Answer 4

感谢您的所有评论和回答，非常有用！！

我已经成功地使用以下方法制作了图表：

barplot(matrix(c(Rtest.dat$pH.mean),nr=3), beside=T, col=c("black","grey","white"), main="pH", names.arg=c("Green", "Yellow", "Blue", "Red"), ylab="pH") legend("topright", c("Day 1","Day 2","Day 3"), cex=0.6, bty="n", fill=c("black","grey","white"))