awk 一遍又一遍地打印同一行

Question

新手寻求帮助

我有一个大文件（2000+行，1455列）

• 我想迭代单元格并仅打印具有值的列/样本<200
• 我必须转置我的表/数组还是有其他解决方案？
• 一旦发现价值<200 I want it to print and move onto next column (so it doesn't print the same
• 我还想包含我的标题

awk '{for (i=3; i<=NF; i++) if ($i<200) print} {next}'  table.txt

这就是我现在正在处理的 - 但它会迭代行（？）（从第 6 列 - 示例 1 开始），并在每次在该行中找到小于 200 的值时打印同一行，而不是直接转到打印后下一行。

awk '{for (i=3; i<=NF; i++) if ($i<200) print} {next}'  table.txt

table.txt（小选）

基因	targ_bp	s_1	s_2	s_3
GNB1	217	53	102	1121
GNB1	202	1112	96	1226
GNB1	163	1141	1162	1181

使用当前代码输出：

| GNB1 | 217 | 217 53 | 53 102 | 102第1121章

| GNB1 | 217 | 217 53 | 53 102 | 102第1121章

| GNB1 | 202 | 202 1112 | 1112 96 | 96第1226章

想要的：

基因targ_bps_1s_2GNB121753102GNB1202111296使用标题，删除全部> 200 的行和全部> 200 的列。

• 希望我说得足够清楚。 0=)

Answer 1

您可以迭代文件两次，首先获取列，然后打印列。一些事情：

# generate comma separated list of columns we want to print
columns=$(awk '
    {
       for (i=6; i<=NF; i++)
            # If the column was not handled, and it has value below 200
            if (!(i in cols) && $i<200)
               # Add it as an index in cols variable
               cols[i]=1
    }
    END{ 
         for (i in cols) print i
    }' input.txt |
    # Join columns numbers using comma
    paste -sd,
)
# Output only columns from input.txt.
cut -d'\t' -f"$columns" input.txt
# If you do not know if it's tab or space, you can squeeze first
tr -s ' \t' '\t' < input.txt | cut -d$'\t' -f"$columns"