EdgeR 中相关系数的意义？

Question

如何计算或提取 edgeR 中 GLM 系数的 p 值？我想凭经验衡量每个系数对模型的贡献。

供参考，我的设计是：

Timepoint <- factor(meta.data_sub$Group3, levels = c("0","1"))
Age <- as.numeric(meta.data_sub$Age)
Sex <- factor(meta.data_sub$Sex2)
Ethnicity <- factor(meta.data_sub$Eth2)
design <- model.matrix(~Age + Sex + Ethnicity + Timepoint)

我正在使用QLFTest

dge <- estimateDisp(dge, design = design)
fit <- glmQLFit(dge, design = design, dispersion = dge$common.dispersion, contrast = contrast)
qlf <- glmQLFTest(fit)

Answer 1

使用

coef

参数 im

glmQLFTest

，它采用系数的索引号或名称，请参阅函数的帮助页面。