Worker初始化失败：并行处理中没有软件包

Question

我试图在R中使用R函数来并行化一个函数。焦点_hpc 来自'spatial.tools'R包。我在SLURM服务器中使用这个脚本，这是我运行的一个例子。

f_mean = function(x){mean(x)}

sfQuickInit(cpus=6)
res_mean<-focal_hpc(x=raster,fun=f_mean,window_dims=c(7,7))[[1]]
sfQuickStop()

然而，我确实得到了以下错误，我不明白为什么。

Error in e$fun(obj, substitute(ex), parent.frame(), e$data) : 
  worker initialization failed: there is no package called ‘spatial.tools’
Calls: system.time ... focal_hpc_focal_processing -> %dopar% -> <Anonymous>

我在服务器的本地库中安装了spatial.tools包 所以我猜测这个函数无法从本地库中加载这个包

你有什么看法？

Answer 1

你是否能够加载 spatial.tools 包的计算节点？你应该试试用命令来分配计算资源。salloc 然后启动R，试试是否可以加载包。spatial.tools. 无论你安装的是什么，你都需要确保所有的计算节点都能访问它（至少是读权限）。