区分通过 CRAN 和 Bioconductor 安装的软件包 [R]

Question

我在 conda 环境中安装了一堆 R 软件包，我想创建类似于

conda env export

的东西，但是在 R 中。

您可以从（credits）获取包名称和版本：

ip = as.data.frame(installed.packages()[,c(1,3:4)])
ip = ip[is.na(ip$Priority),1:2,drop=FALSE]
ip

..但是有什么方法可以知道每个包来自哪个仓库吗？ （然后通过

install.packages(c("pck1", "pck2"...))

（对于基于 CRAN 的软件包）或

BiocManager::install(c("pck1", "pck2"...))

（对于基于生物导体的软件包）连续安装所有软件包。）

Answer 1

BiocManager::install()

还安装 CRAN 软件包，因此对于概述的用例，无需知道它们来自哪里。另外

p = available.packages(repos = BiocManager::repositories())

有一个包和存储库列，因此可以在安装之前确定源存储库，或者通过已安装的包和可用包之间的连接来确定源存储库