ggplot2：使用 geom_polygon() 填充不适用于椭圆形

Question

我正在这个

github repo

中开发新版本的 ggbiplot 包，并且已经 为各个组中的点填充数据椭圆的问题。这在 这个问题。也许这里有人能看到什么 问题是以及如何解决它。

在

ggbiplot.r

第261-268行附近 我将使用

geom_path()

的代码替换为

geom_polygon()

，以便可以填充组的省略号。然而，在测试中，这没有效果（省略号未填充）。这里出了什么问题？

我想让这个可选，所以我添加一个参数，

ellipse.fill = T / F / alpha

，但我必须先让它工作。

我已经查看了相关问题，Fill superimulated ellipses in ggplot2 scatterplots但在我的例子中，我在内部计算椭圆。

代码片段是：

 g <- g + geom_polygon(data = ell, 
                          aes(color = groups, 
                              fill = groups
                              ),
                          alpha = 0.4,    # MF: why doesn't this have any effect?
                          linewidth = ellipse.linewidth)

我的测试用例：

remotes::install_github("friendly/ggbiplot")
library(ggbiplot)
data(wine, package="ggbiplot")
wine.pca <- prcomp(wine, scale. = TRUE)
ggbiplot(wine.pca, groups=wine.class,
         ellipse = TRUE, 
         ellipse.linewidth = 1.2,
         circle = TRUE,
         varname.color = "darkred",
         varname.size = 4) +
  theme_minimal() +
  theme(legend.direction = 'horizontal', legend.position = 'top')

这会产生：

Answer 1

您的问题是由每组中都有省略号的双重副本引起的。每个椭圆有 100 行数据，但每个椭圆圆周周围只有 50 个点。这意味着每个椭圆周围有两圈纵坐标，并且根据多边形填充规则，它们会相互抵消。我们可以通过过滤掉多边形层中每个椭圆的后 50 行来显示这一点：

p <- ggbiplot(wine.pca, groups=wine.class,
         ellipse = TRUE, 
         ellipse.linewidth = 1.2,
         circle = TRUE,
         varname.color = "darkred",
         varname.size = 4) +
  theme_minimal() +
  theme(legend.direction = 'horizontal', legend.position = 'top')

p$layers[[4]]$data <- p$layers[[4]]$data[c(1:50, 101:150, 201:250),]

p

您没有在问题中包含每个椭圆的计算，但问题出在这个计算中。解决这个问题，你的饱腹感就会恢复。