Seurat 错误：在为函数“colSums”选择方法时评估参数“x”时出错：无效字符索引”

Question

library(dplyr)
library(Seurat)
library(patchwork)

 hvc.data <- readRDS(file = "E:\\Nikhil Sampath\\HVCcounts_forNS.RDS")                      

 hvc <- CreateSeuratObject(counts = hvc.data, project = "hvc stuff", min.cells = 3, min.features = 200)

Mito_genes <- 
  c(
    "ATP6",
    "ATP8",
    "COX1",
    "COX2",
    "COX3",
    "CYTB",
    "ND1",
    "ND2",
    "ND3",
    "ND4",
    "ND4L",
    "ND5",
    "ND6"
  )
 
 
hvc[["percent.mito"]] <-
   PercentageFeatureSet(
     hvc,
     features = Mito_genes
   )
 
 

我正在学习 Seurat 4.3.0 的教程，但在使用 PercentageFeatureSet 命令时遇到问题。

我基本上尝试使用 PercentageFeatureSet() 来查看分析并添加一列，指示样本数据中存在的线粒体 rna 的百分比。我最初运行的是 Seurat 5.0，所以我重新安装到 4.3.0，但这没有帮助。我尝试使用 GetAssayData() 直接从初始 RDS 文件中提取分析数据，然后使用它创建 Suerat 对象，但出现了相同的错误。抱歉，如果我的语言有误，这是我第一天使用图书馆。

Answer 1

一种可能的解释是，数据中的基因名称与您在

Mito_genes

中定义的基因名称的格式不同。例如，如果您的数据是使用 ENSEMBL 基因 ID 生成的，就会出现这种情况 (

ENSG000xxx

)。

要确定这一点，请尝试查看数据中的一些基因 ID，使用：

head(rownames(GetAssayData(hvc)))

Answer 2

同样的问题。问题解决了吗？