将 SNOMED CT 导入 Neo4J

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我需要将 SNOMED CT 本体导入图形数据库,在本例中为 Neo4J,但最终可能是另一种选择。

但是,我找不到 SNOMED CT 底层关系数据模型的清晰描述,以实现这一点。或者至少是简化的 SQL 视图,以可以映射到图形数据库的方式公开实体关系。

我非常感谢任何有关此事的指导或以前的经验。

neo4j graph-databases ontology titan snomed-ct
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直接尝试序列化关系数据模型可能会非常困难,并且会让您远离目标。

值得注意的是,SNOMED 数据实际上已经以 RDF 格式提供。这样你就可以“免费”获得一个图形结构。

例如this项目提供RDF格式的数据,无论您选择Titan还是Neo4j,将RDF数据放入图表中都非常简单。

旁注:

我的一位同事实际上致力于将 SNOMED 数据导入到 Grakn Graph,这是我们共同开发的语义图系统。如果您有兴趣,可以查看他的作品这里。 Grakn 是一个运行在 Titan 之上的语义图解决方案。


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如果您正在寻找有关如何将概念、描述和关系建模到图形数据库中的示例。我在 Github 上有一个示例项目,可以将 Snomed 数据上传到 Neo4j 数据库中。

https://github.com/pradeepvemulakonda/Snomed

在了解实施细节之前,我建议您尝试以下 Snomed 数据浏览器:

http://ontoserver.csiro.au/shrimp/

一旦您了解了概念和关系,您就可以完成实施。您可以使用以下要点来了解如何在 Neo4j 中查询上传的概念和关系。

https://neo4j.com/graphgist/95f4f165-0172-4b3d-981b-edcbab2e0a4b#listing_category=health-care-and-science


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SNOMED 可以使用 NIH 发布的 UMLS(统一医学语言系统)加载到 MySQL 中。加载后,MRREL 表包含 SNOMED 节点之间的所有关系。如果您想立即在 Neo4j 中加载它,您可以完全跳过 MySQL 步骤并直接使用 UMLS RRF 文件。 RRF 文档格式不是很好,但文件很容易解析表格文本。


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实际上有三个表,概念、描述和关系

您会在这里找到它们的描述: https://confluence.ihtsdotools.org/display/DOCTIG/3.1.+Components

最重要的是关系和概念以及描述和概念之间的关系。


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SNOMED International 有一个项目,用于将 SNOMED CT 加载到各种类型的数据库中,包括 Neo4J,此处:https://github.com/IHTSDO/snomed-database-loader

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