[我正在尝试使用Vehtari等人的方法在“秩归一化，折叠和本地化：用于MCMC评估收敛的改进R帽”中复制ESS计算，可在此处获得：https://arxiv.org/pdf/1903.08008.pdf
我正在使用此处的代码：https://github.com/avehtari/rhat_ess/blob/master/code/monitornew.R
并且我可以遵循本文中的代码，除非我们到达本文中的方程式10（计算跨链自相关）。代码（第251、256和257行）的形式为：1-（mean_var-平均值（acov [t + 1，]））/ var_plus
与等式10接近，除了等式10中缺少's'项。
我看不到代码中的任何地方，以某种方式在完成计算的方式中将其解释为其他原因。我尝试过将's'术语放回那些代码行中，这与最终的ess值有很大的不同。
有人能帮助我理解纸张和代码之间的差异吗？
谢谢。
s^2是方差的估计，rho是自相关的估计。因此，s^2 * rho是自协方差的估计值，这是您在代码中看到的。