[使用grep作为r data.table fread（）中的命令行工具-错误的结果

Question

Hello，

这是我在这里的第一篇文章。我使用了出色的R data.table包。我需要导入一个没有注释行的文件，但是我看不到fread（）中的任何选项来消除注释行，这些注释行不仅分布在文件的开头，而且分布在整个文件中。为简化起见-文件test.txt由4行组成，注释行以“＃”开头：

#A
A   AA
A   A#A
#A

我使用fread（）导入数据，然后使用grep（^＃）删除注释行；一切正常。还有一个选项可以将fread（）中的grep用作命令行调用，而不是单个文件名。 （出于记录，我在Windows中工作，因此我的项目文件夹中有grep.exe。）当从R调用它时，Grep可以按预期使用简单的正则表达式：

> system("grep # test.txt")
#A
A   A#A
#A
> system("grep ^# test.txt")
#A
#A

但是当在fread（）函数中作为系统命令调用时，它将忽略行命令“ ^”的开头：

> fread("grep # test.txt", sep = "\t", header = FALSE, fill = TRUE)
   V1  V2
1: #A    
2:  A A#A
3: #A

> fread("grep ^# test.txt", sep = "\t", header = FALSE, fill = TRUE)
   V1  V2
1: #A    
2:  A A#A
3: #A  

因此，R中的grep.exe以及grep（）均按预期工作，但是从fread（）调用的grep.exe忽略了行首命令（没有尝试其他正则表达式）。这是怎么了？

Answer 1

非常感谢你，弗兰克。我不明白您的建议fread('grep "^#" test.txt', sep = "\t", header = FALSE, fill = TRUE)为何正常工作，但是fread("grep '^#' test.txt", sep = "\t", header = FALSE, fill = TRUE)（我尝试过）却导致错误。

[此外，我注意到在fread（）中对grep进行系统调用比使用fread（）然后在R中使用grep（）读取文件要慢两倍。其中是注释行。也许，如果注释行的比例更大，则系统调用会更快，因为在这种情况下，您无需将注释行导入到data.table中（在导入前无需grep调用，我需要使用fill = TRUE向注释行中缺少的列添加空值，否则fread（）失败）。