如何更改Cytoscape中的参数以获得此布局？

Question

我目前正在尝试将 Cytoscape 中的边缘加权 Spring 嵌入式布局算法应用到网络中，遵循一项研究中的材料和方法。当我应用布局时，我没有获得相同的结果。

在我的例子中，我有一些节点向外指向，而其他一些节点高度集中在图的中间，但我希望节点均匀分布在表面上。这就是我所拥有的：

这就是我想要的：

Answer 1

很大程度上取决于你边缘的重量。根据权重以及这些权重的解释方式，您将获得非常不同的值。毫无疑问，您需要打开 Spring 嵌入式布局的“布局”->“设置...”对话框，并使用这些值来获得您想要的结果。