无痛的方式来安装新版本的R？

Question

Andrew Gelman recently lamented the lack of an easy upgrade process for R（可能在Windows上比Linux更相关）。有没有人有一个很好的技巧来进行升级，从安装软件到复制所有设置/包？

这个建议包含在评论中，是我最近一直在使用的。首先安装新版本，然后在旧版本中运行：

#--run in the old version of R
setwd("C:/Temp/")
packages <- installed.packages()[,"Package"]
save(packages, file="Rpackages")

在新版本中遵循以下内容：

#--run in the new version
setwd("C:/Temp/")
load("Rpackages")
for (p in setdiff(packages, installed.packages()[,"Package"]))
install.packages(p)

Answer 1

为了完整起见，有一些方法可以防止您遇到此问题。正如Dirk所说，将包保存在计算机上的另一个目录中。

install.packages("thepackage",lib="/path/to/directory/with/libraries")

您也可以使用.Library函数更改默认的.libPaths值

.libPaths("/path/to/directory/with/libraries")

这会将此路径作为.Library变量中的第一个值，并使其成为默认值。

如果要进一步自动化，可以在Rprofile.site文件中指定它，您可以在R build的/ etc /目录中找到它。然后每次加载时它都会自动加载，你不必再担心了。您只需从指定目录安装和加载包即可。

最后，我的Rprofile.site中包含一些小代码，允许我在安装新R版本时重新安装所有软件包。您只需在更新到新R版本之前列出它们。我使用包含所有包的更新列表的.RData文件。

library(utils)

## Check necessary packages
load("G:\Setinfo\R\packagelist.RData") # includes a vector "pkgs"
installed <- pkgs %in% installed.packages()[, 'Package']
if (length(pkgs[!installed]) >=1){
  install.packages(pkgs[!installed])
}

我通过在我的Rprofile.site中指定.Last()来创建packagelist.RData。如果我安装了一些，则更新包列表：

.Last <- function(){
  pkgs <- installed.packages()[,1]
  if (length(pkgs) > length(installed)){
    save(pkgs,file="G:\Setinfo\R\packagelist.RData")
  }
}

当我安装新的R版本时，我只需将必要的元素添加到Rprofile.site文件中，然后重新安装所有软件包。无论如何我必须调整Rprofile.site（使用和比，为Tinn-R添加额外的代码，这些东西），所以这不是真正的额外工作。它只需要额外的时间来重新安装所有包。

最后一位相当于原始问题中给出的解决方案。我不需要担心首先获得“已安装”列表。

同样，如果您的软件包未从CRAN安装，则无法完美运行。但是这个代码很容易扩展，包括那些代码。

Answer 2

对我来说这个页面很好https://www.r-statistics.com/2013/03/updating-r-from-r-on-windows-using-the-installr-package/或其他选项只是安装新选项，并在最后你放，例如在我的电脑的窗口

.libPaths（c（“D：/Documents/R/win-library/3.2”，“C：/ Program Files / R / R-3.2.3 / library”，“C：/ Program Files / R / R-3.2} .0 / library“，”D：/Documents/R/win-library/2.15“）

在我的情况下最后一个版本的每个路径我总是把第一个路径是“D：/Documents/R/win-library/3.2”修复然后我把另一个因为你不需要复制或移动任何包，我的sugest只是称之为

Answer 3

linux + bash + debian + apt用户：

如果您正在安装/升级到最新版本的R，那么我们可能会假设您拥有root权限。（不是必需的，只是简化了过程;为了保持一致性，下面的脚本使用sudo进行所有安装。）由于R软件包也由root安装，因此允许将它们放在/usr/local/中。
以下对curl的调用假设您已经对sid释放R感兴趣，R是最新的不稳定版本（在构建/检查cat /etc/apt/sources.list | grep 'sid' || exit 1包时需要），即 buster 虽然这可以很容易地被最近的稳定版本取代，例如typically recommended。
请注意，我没有像R那样使用密钥。这不是必需的，特别是如果（如下面的脚本中）我们在Rscript -e本身（R.sh）中安装软件包。而且，这种键每隔几年就有破坏/变化的趋势。因此，您当然欢迎将以下前言添加到sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com \ --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9文件中： array
R包装的debian显然不是详尽无遗的，但提供了一些我认为有用的例子。使用r-recommended软件包survival进行全新安装/升级，如下所示，应该提供所有标准“推荐”软件包的最新版本（例如debian）。我相信CRAN版本与相关array软件包的更新之间可能存在轻微的延迟。因此，如果最新版本的'推荐'R包是必不可少的，您可能希望将其中一些添加到下面的debian中。
在下面的过程中安装的r-base包也不是必需的（使用R）也不是详尽的，但提供一个号码。 '附加组件'对于合理的号码很重要。 R.sh包裹。

无论如何......在sudo apt update && sudo apt --yes full-upgrade sudo apt install --yes libappstream4 curl ### ov1 = online version; lv1 = local version (i.e. currently installed) ov1=$(curl --silent --url https://packages.debian.org/sid/r-base | grep 'meta name=\"Keywords\"' | grep --only-matching '[0-9].*[0-9]') ; echo $ov1 ## command -v = print a description of COMMAND similar to the `type' builtin ## && = if prior command succeeds, then do; || = if prior fails, then do command -v 'R --version' && lv1=$(R --version | grep --only-matching '[0-9\.]*[0-9]' | ## || = otherwise head -1) || lv1=0 ## 'lt' = less than if dpkg --compare-versions "$lv1" 'lt' "$ov1" then ## declare -a = indexed array declare -a deb1=('r-base' 'r-base-dev' 'r-recommended') for i in "${deb1[@]}" do sudo apt install --yes "$i" done fi ### certain Debian packages are required by 'R' so best have these first sudo apt install --yes ccache libcairo2-dev libxml2-dev libcurl4-openssl-dev \ libssl-dev liblapack-dev libssl-dev declare -a pkg1=('data.table' 'ggplot2' 'knitr' 'devtools' 'roxygen2') ## installing as 'root' so these are installed in Rscript -e ".libPaths()[1]" for i in "${pkg1[@]}" do sudo Rscript -e "install.packages('$i', dependencies=TRUE)" done ### other useful additions sudo apt install --yes libblas-dev libboost-dev libarmadillo-dev \ jags pandoc pandoc-citeproc sudo apt update && sudo apt full-upgrade中放置以下内容：

source R.sh

然后执行它，例如在目录中假设：debian。

在shell的循环中逐个安装包（无论是R还是R）效率有点低，但允许更简单的错误跟踪，恕我直言。可能需要一些时间，具体取决于没有。 qazxswpoi包，所以也许最简单的让一夜之间运行...

Answer 4

这当然是一个老问题，但我可能会找到一个新的简单答案（仅适用于Windows）。

install.packages("installr")
require(installr)
updateR()

最好的方法是使用RGui系统。您的所有包都将被转移到新文件夹，旧文件夹将被删除或保存（您也可以选择）。然后，再次打开RStudio后，它会立即识别出您使用的是更新版本。对我来说，这就像一个魅力，

More info on {installr} here。

西蒙

Answer 5

两个快速建议：

使用Gabor的batchfiles，据说它包含帮助例如这个批量库重定位。警告：我没有用过它们。
不要在已安装的R版本的“filetree”中安装库。在Windows上，我可以将R放入C：/ opt / R / R- $版本，但是使用以下代码段将所有库放入C：/ opt / R / library /，因为它首先缓解了问题：

$ cat .Renviron         # this is using MSys/MinGW which looks like Cygwin  
## Example .Renviron on Windows    
R_LIBS="C:/opt/R/library"

Answer 6

如果您的软件包不是来自CRAN，则上面建议的方法将无法完全发挥作用。例如，从非CRAN站点下载的个人包或包。

我在Windows上的首选方法（将2.10.1升级到2.11.0）：

安装R-2.11.0
将R-2.10.0/library/*复制到R-2.11.0/library/
在提示中回答“否”，询问您是否可以覆盖。
启动R 2.11.0
运行R命令update.packages()

Answer 7

关于问题中给出的解决方案，如果您已经安装了新版本，则运行旧版本的R可能并不容易。在这种情况下，您仍然可以从以前的R版本重新安装所有缺少的软件包，如下所示。

# Get names of packages in previous R version
old.packages <- list.files("/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library")

# Install packages in the previous version. 

# For each package p in previous version...
    for (p in old.packages) {
      # ... Only if p is not already installed
      if (!(p %in% installed.packages()[,"Package"])) {
        # Install p 
        install.packages(p) 
      }
    }

（请注意，第一行代码中list.files()的参数应该是前一个R版本的库目录的路径，其中前一版本中的所有软件包文件夹都是。在我目前的情况下，这是"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library"。这将是如果您以前的R版本不是3.2，或者如果您使用的是Windows，则会有所不同。）

if语句确保如果没有安装包

它已经安装在新的R版本中，或者
已作为依赖关系安装在for循环的上一次迭代中安装的包中。

Answer 8

根据Dirk的建议，这里有一些R代码在windows上执行：How to easily upgrade R on windows XP

更新（15.04.11）：我写了另一篇关于这个主题的文章，解释了如何处理upgrading R on windows 7的常见问题

Answer 9

两种选择：

实现我的答案here
如果您在Eclipse下使用R和StatET，请打开运行配置，单击控制台选项卡，然后在启动后名为R snippet run的框中添加此行，并选择目录：.libPaths("C:/R/library")

Answer 10

我在Windows 8上，由于一些奇怪的原因，我永远无法使用我的互联网连接安装软件包。

我通常使用CRAN的.zip文件安装它。

从R 3.2.5到R 3.3.1之后。

我只是复制了包

C:\Path\to\packa\R\win-library\3.2到C:\Path\to\packa\R\win-library\3.3。

然后我重新启动了R会话。工作得很完美。我没有检查是否所有包都运行良好。但是，我检查的那些工作得非常好。希望这个黑客适合每个人。

干杯。

Answer 11

如果你有先见之明，接受的答案可能会有效，但我已经摆脱了旧版本，因此无法遵循这些指示。下面描述的步骤适用于从2.1和3.1升级的OSX。

更新：要获取最新版本的目录（而不是键入3.1或3.2），您可以使用以下命令。第二个直接转换为R变量，跳过.和..和.DS_Store，使用：

OLD=$(ls -d /Library/Frameworks/R.framework/Versions/*.* |tail -n 2 | head -n 1)Resources/library/
echo "packages = c(\"`ls $OLD | tail +4| paste -s -d ',' - | sed -E 's|,|\",\"|'g`\")" | tr -d "/"

（将|pbcopy添加到最后，将其直接复制到Mac剪贴板）

然后在R中，您可以粘贴生成的变量。一旦在新版本的R中定义了它，您就可以按照上面的说明遍历已安装的软件包......

for (p in setdiff(packages, installed.packages()[,"Package"]))
   install.packages(p, dependencies=TRUE, quiet=TRUE, ask=FALSE)

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