为linux安装biomaRt软件包（R版本3.5.2）（适用于Windows的Ubuntu）

Question

我正在尝试安装Biomart软件包，我使用了这段代码：

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
    biocLite("biomaRt")
    library("biomaRt")

我收到这条警告信息：

Warning messages:
1: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘curl’ had non-zero exit status
2: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘openssl’ had non-zero exit status
3: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘XML’ had non-zero exit status
4: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘RCurl’ had non-zero exit status
5: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘httr’ had non-zero exit status
6: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘biomaRt’ had non-zero exit status

有人帮忙吗？谢谢。

Answer 1

这里的问题是R需要编译其他R包：curl，openssl，XML，RCurl。为此，需要在Linux平台上安装一些开发库。

你可以经常猜出它们可能被称为：如果R包“XXX”是个问题，你需要apt-cache search来像libXXX-dev。这个名字通常也包括一个数字。因此，您可以尝试从命令行：

sudo apt-get update
apt-cache search libcurl | grep dev

搜索libcurl开发包。

然后你可以安装它们，例如：

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev

至少，我认为你需要这样的东西：

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev
sudo apt-get install libxml2-dev

然后再次尝试R软件包安装。记下任何错误消息，根据需要安装更多库，重复直到它工作。

使用适当的术语进行Web搜索应该找到有关安装所需的系统依赖性的更多信息。