for循环打开并访问卫星netcdf数据

Question

我正在使用卫星数据来观察海洋表面的光照水平。 （来自here的任何数据都有效，因为我只是想了解如何打开和使用数据）

在下面的代码中，我将所有

.nc

文件保存在桌面上的一个文件夹中，然后将其全部导入到

files

下，然后启动循环来打开文件。

有没有办法 1) 裁剪数据

extent(-180, -176, -40, -36) 

然后 2) 提取纬度、经度和面值？我猜测有多个深度可用，但我不知道如何检查。

 library(raster)

 setwd("/Users/AquaModis_PAR")

 nc.data<-list()
 files<-list.files(pattern = ".nc",full.names=TRUE)

 df=NULL

  for(i in seq_along(files)) {
    par[i] = brick(files[i], stopIfNotEqualSpaced = FALSE, varname = "par") 
   }

Answer 1

要加载和裁剪数据，请执行以下操作：

library(raster)

files <- list.files(pattern = ".nc", full.names=TRUE)

region <- extent(-180, -176, -40, -36)

data <- lapply(files, function(path) {
  # Load and crop.
  d <- brick(path, stopIfNotEqualSpaced = FALSE, varname = "chlor_a") |>
    crop(region)
  
  # Get raster values.
  values <- getValues(d)
  # Get coordinates.
  coords <- coordinates(d)
  
  cbind(coords, values) |>
    data.frame() |>
    setNames(c("lon", "lat", "value")) |>
      na.omit()
})

查看第一个文件中的数据：

> head(data[[1]])
         lon       lat      value
28 -178.8542 -36.02084 0.06653178
29 -178.8125 -36.02084 0.06850998
30 -178.7708 -36.02084 0.07330192
31 -178.7292 -36.02084 0.07878597
34 -178.6042 -36.02084 0.07993947
35 -178.5625 -36.02084 0.08084643

可能有更优雅的方法将数据提取到数据框中，但这可以完成工作。

最后的

na.omit()

是删除缺少值的记录（我查看的数据中有不少）。

为了完整起见，这些是我测试过的文件：

AQUA_MODIS.20030101.L3m.DAY.CHL.chlor_a.4km.nc
AQUA_MODIS.20030102.L3m.DAY.CHL.chlor_a.4km.nc
AQUA_MODIS.20030103.L3m.DAY.CHL.chlor_a.4km.nc