暂时忽略R中的某些库

Question

我目前正在为我们公司开发的R软件包进行持续集成设置。我们为每个R包都有一个Jenkins项目，每个项目都有一个相应的库。

我已经定义了一个逻辑，它将包的所有依赖项安装到项目库中。现在我想定义一个基本上运行的检查阶段

devtools::check("${PROJECT_DIR}/pkg")

但只使用项目库进行依赖。我尝试以下列方式使用callr包。

callr::r(
  function(...) {
    devtools::check(...)
  ),
  args = list("${PROJECT_DIR}/pkg"),
  libpath = "${PROJECT_DIR}/lib"
)

但是，检查过程仍然能够找到未安装在libpath中的软件包。有没有办法确保在构建阶段只使用"${PROJECT_DIR}/lib"？

到目前为止，我已经尝试了以下无济于事

• callr()与libpath论点
• withr::with_libpaths与new论点
• 查看devtools::check和R CMD BUILD中的文档以获取适当的参数
• 使用.libPaths("${JOB_DIR}/lib")

---

这是一个解释callr的意外行为的rex。我预计第3行会出错。

find.package("ggplot2", .libPaths()[1])
#> Error in find.package("ggplot2", .libPaths()[1]): there is no package called 'ggplot2'
callr::r(function() {  ggplot2::vars() }, libpath = .libPaths()[1])
#> named list()
find.package("ggplot2", .libPaths()[2])
#> [1] "/data/R/3.5.3/lib/R/library/ggplot2"
callr::r(function() {  ggplot2::vars() }, libpath = .libPaths()[2])
#> named list()

Answer 1

根据qazxsw poi，有一种方法可以通过qazxsw poi实现这一目标。如果有更合适的解决方案，我很乐意听到。

this question

我在这里遇到的问题是双重的

1. 它基本上是一个黑客，如果base::assign的内部改变，可以打破任何时间
2. 我可能还要修改

   callr::r(function() {
     assign(".lib.loc", .libPaths()[1], envir = environment(.libPaths))
     ggplot2::vars() 
   })
   #> Error in loadNamespace(name): there is no package called ‘ggplot2’

   和.libPaths()（.Library的内部），以确保.Library.site受到适当的影响。

Answer 2

这可能稍微偏离主题，但您是否考虑过将.libPaths()用于此用例？

您可以在devtools::check中定义docker，它将为每个运行的CI作业定义自定义图像。使用Jenkins中的Dockerfile将软件包安装到docker容器中。然后，当CI完成时，该容器被抛出。

使用此方法，您无需担心在运行CI时自己手动安装软件包，也不必担心不同软件包之间存在冲突的命名空间。

这肯定有更高的启动成本，但我认为从长远来看，你会发现测试你的R套件是值得的。资料来源：我还在工作中测试内部R包。

样本Jenkinsfile

devtools::install()

然后你在Dockerfile中引用这个

FROM docker.io/rocker/r-base

USER root

# Install packages needed for package development
RUN R -e 'install.packages(c("devtools", "rmarkdown", "testthat", "roxygen2"))'

来安装，测试和检查包（下面的管道示例）

Dockerfile