左列元素与R中的右列元素“完全连接”

Question

我正在尝试实现一个特定的图网络，其中所有右列元素都必须与所有左列元素相连，而不能相互链接。

假设这样的表：

table=data.frame(matrix(c("A","B","A","C","B","D","1","2","3","1","4","2"),ncol=2))
colnames(table)=c("gene","enhancer")

print(table)

#gene enhancer
#1    A        1
#2    B        2
#3    A        3
#4    C        1
#5    B        4
#6    D        2

这里我想要一个类似（A--1，C--1），（B--2，D--2），（A--3）和（B--4）的网络。

如果直接使用igraph程序包，则我的网络具有间接边缘，因此我不想要它。基本上，我希望有一个更大图的子图，其中所有基因都与所有增强子相连。

我已经成功地为一对一链接创建了所需的网络，但是我无法为更复杂的关系创建它。

我试图将dplyr与group_split和group_keys函数一起使用，以相互检索连接的元素。我还使用了[[aggregate函数。我做不到，可能是我想得太多了，但这似乎并不简单。

我该如何实现？

Answer 1

您可以使用expand.grid()获得基因和增强子之间完整的成对连接，然后通过igraph将其发送到graph_from_data_frame()：

library(igraph)
library(dplyr)

genes <- c("A", "B", "C", "D")
enhancers <- 1:4

g <- expand.grid(x = genes, y = enhancers) %>% 
  graph_from_data_frame(directed = FALSE)

# Use the attribute "type" to create a bipartite network
V(g)$type <- V(g)$name %in% genes

plot(g, layout = layout_as_bipartite(g))

由reprex package（v0.3.0）在2020-04-13创建