R -ggplot - 绘制图上的p值

Question

我有一个关于在R中使用ggplot绘制小提琴图中p值的问题。我有一个数据帧，其中包含按组排序的值：1000/2000/3000 / ... / n

我从数据框中绘制了一个小提琴图（见下面的例子）。

我的问题是最后一个值等于数据帧的长度。在某些情况下，在另一个数据帧中可以是14470，它可以是16043或13789。

我想通过将小提琴2比较2来绘制我的情节中的p值（wilcoxon测试）。

我做了什么 ：

my_comparisons_1000 <- list \
(c("1000", "2000"),c("2000", "3000"),\
c("3000", "4000"),c("4000","5000"),\
c("5000","6000"),c("6000","7000"),\
c("7000","8000"),c("8000","9000"),\
c("9000","10000"),c("10000","11000"),\
c("11000","12000"),c("12000","13000"),\
c("13000","14000"))

fig_1000<-ggplot(violin, aes(x=range_1000, y=mean_region))+
    geom_violin(scale = "width",adjust = .5,fill='#A4A4A4', color="darkred")+
    geom_boxplot(width=0.1,outlier.shape = NA) + theme_minimal()+
    scale_x_discrete(labels=c(seq(1000,length(violin[,1]),by=1000), length(violin[,1])))+
    stat_summary(fun.y=mean, geom="point",size=1,color="red",aes(shape="Mean")) +

    stat_compare_means(comparisons = my_comparisons_1000,label.y = 14)+ # Add pairwise comparisons p-value

    theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, hjust = 1))+
    guides(colour=guide_legend(order=1), shape=guide_legend(title=NULL, order=2)))

目标

我想要的是做一些比my_comparisons_1000更短的东西，它适合我的数据帧不同数据帧的长度。

在这个例子中，我有1000个组，但我也有500个组的数据帧。

其实我只需要改进'my_comparisons_1000'

有没有办法逐步生成几个矢量（1000）？像rep或seq之类的东西，但我找不到它。

Answer 1

像这样的东西？

library(tidyverse)
library(ggpubr)
tidyiris <- iris %>% gather(key, value, -Species)
num_pairs <- length(unique(tidyiris$key)) - 1
my_comparisons <- map(seq(1, num_pairs, 1), ~c(.x, .x+1))
ggplot(tidyiris, aes(key, value)) + geom_violin() + 
  stat_compare_means(comparisons = my_comparisons)

对于您的数据，它将是：

my_comparisons <- map(seq(1000, violin$range_1000 - 1000, 1000), ~c(.x, .x + 1000))