如何制作基因本体术语热图

Question

我正在尝试使用两种基因型（“rsh3”和“iron”）差异表达基因的基因本体的 -log(FDR) 制作热图。在这两列中，“rsh3”和“iron”被写入 GO 项的 -log(FDR)。

我不明白是我写错了代码还是我在数据框中错误地显示了我的数据。

以防万一我不清楚，这就是我的数据框的样子：

我尝试了这段代码：

library(ggplot2)

heat <- read_excel("directory/heat_final.xlsx")

heat_matrix <- as.matrix(heat)

ggplot(heat, aes(x = factor(c("rsh3", "iron")), y = GO_term)) + 
  geom_tile()

我收到此错误：

> ggplot(heat, aes(x = factor(c("rsh3", "iron")), y = GO_term)) + 
+   geom_tile()
Error in `geom_tile()`:
! Problem while computing aesthetics.
ℹ Error occurred in the 1st layer.
Caused by error in `check_aesthetics()`:
! Aesthetics must be either length 1 or the same as the data (288)
✖ Fix the following mappings: `x`
Run `rlang::last_trace()` to see where the error occurred.

我实际上正在尝试获取类似于本文图 3 的热图：

https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/21580103.2020.1801524

Answer 1

您的主要问题是，在

ggplot(aes())

中，

x

应该是包含基因型的列名称，而不是包含列名称的因子。

旁注是

ggplot()

期望的是 data.frame 中的数据，而不是矩阵，因此您的转换充其量是无用的（将立即恢复），或者可能会使事情变得更糟。

因此，您需要的是一个带有

GO_term

列（可以映射到

y

）和

genotype

列（可以映射到

x

）的 data.frame。当然，您可以映射到

fill

颜色的列，我们称之为

log_FDR

。

这意味着您需要获取与基因型相对应的列，并将它们折叠为单个列，以使您的数据整洁，例如与

pivot_longer()

。

因此使用虚拟数据来说明，这是一个可重现的示例：

library(tidyverse)

# dummy data
heat <- tribble(~GO_term, ~rsh3, ~iron, ~mutant2,
                "GO1", 1.81, 1.86, 2.5,
                "GO2", 3.2, 0, 1)

heat |>
  select(GO_term, rsh3, iron) |>
  pivot_longer(-GO_term,
               names_to = "genotype",
               values_to = "log_FDR") |>
  ggplot(aes(x = genotype, y = GO_term, fill = log_FDR)) + 
  geom_tile()