如何让R读取gdb文件？

Question

我正在尝试让 R 读取 gdb 文件。我做的第一件事就是找出它的层，我通过运行来完成：

ogrListLayers("my_data.gdb")

事实证明 my_data 有两个大层。我尝试打开两者，但都没有成功。这是我到目前为止所尝试过的：

1)

Wont_open <- readOGR(dsn = "D:/my_data.gdb", layer =  "layer_1", dropNULLGeometries = F)

我已经尝试过使用和不使用 dropNULLGeometries 参数以及 my_data 中的两个层的上述方法。运行此程序时，出现以下错误：

Error in readOGR(dsn = "D:/my_data.gdb",  : 
Unsupported field type: Binary

2. 打不开<- st_read(dsn="D:/my_data.gdb", layer = "layer_1")

我已经对 my_data 中的两个层尝试了上述方法。当我运行这个程序时，R 在开始该过程大约 1 小时后停止工作。

3)

read_GDB_Layer <- function(dsn, layerName, overwrite = T){
conversionDir <- tempdir() 

gdalUtils:: ogr2ogr(src_datasource_name = dsn, dst_datasource_name = conversionDir, f = "ESRI Shapefile", layer + layerName, verbose = T, overwrite = overwrite) 

df <- read.dbf(file.path(conversionDir, paste0(layerName, ".gdbtable"))) 

return(df)}

那么，

Wont_open <- read_GDB_Layer(dsn = "D:/my_data.gdb", layerName = "layer_1")

我对两个层都尝试了此操作，并更改了 .dbf 函数的 .gdbtable 参数以在两个层上运行它，但它仍然不起作用。我收到以下警告消息：

1: In gdal_setInstallation(search_path = NULL, rescan = FALSE, ignore.full_scan = TRUE,  :
  No GDAL installation found. Please install 'gdal' before continuing:
    - www.gdal.org (no HDF4 support!)
    - trac.osgeo.org/osgeo4w/ (with HDF4 support RECOMMENDED)
    - www.fwtools.maptools.org (with HDF4 support)

2: In gdal_setInstallation(search_path = NULL, rescan = FALSE, ignore.full_scan = TRUE,  :
  If you think GDAL is installed, please run:
gdal_setInstallation(ignore.full_scan=FALSE)

Answer 1

正如@sven-brandt 所指出的，

st_read()

功能对我有用

Answer 2

terra::vect()

也可用于打开.gdb中的空间特征。我不确定这个函数是否能更有效地处理大文件，但似乎值得尝试。

terra::vect()

的一个好处是您可以使用

proxy

参数将数据保存在磁盘而不是内存上。从那里你可以使用

terra::query()

函数来子集你的对象并生成一个 vect 对象。这似乎是减少对象总大小的合理方法。

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