保存并写入 .vtk 多数据文件

Question

我使用此 puyhon 代码将 nifti 文件转换为 .vtk 多数据网格

import itk
import vtk
input_filename = '/home/nour/Bureau/7ans/244/whatIneed/244seg_pve_2.nii.gz'
reader=itk.ImageFileReader[itk.Image[itk.UC,3]].New()
reader.SetFileName(input_filename)
reader.Update()

itkToVtkFilter = itk.ImageToVTKImageFilter[itk.Image[itk.UC,3]].New()
itkToVtkFilter.SetInput(reader.GetOutput())
myvtkImageData = itkToVtkFilter.GetOutput()
print("myvtkImageData")

以及保存和写入我使用的 .vtk 文件

writer = vtk.vtkPolyDataWriter()
writer.SetInputData()
writer.SetFileName("/home/nour/Bureau/7ans/244/whatIneed/Output.vtk")
writer.Write()

这里的错误： 错误：在 /work/standalone-x64-build/VTK-source/Common/ExecutionModel/vtkDemandDrivenPipeline.cxx 中，第 809 行 vtkCompositeDataPipeline (0x4d9cac0)：算法 vtkPolyDataWriter(0x4de3ea0) 的输入端口索引 0 上的连接索引 0 的输入属于 vtkImageData 类型，但需要 vtkPolyData。

我想知道编写 vtk Polydata 文件的好方法是什么。 谢谢

Answer 1

您需要将图像（规则网格）转换为多边形网格，才能将其保存为 .vtk 文件。 对于 2D 网格，可以使用

vtkExtractSurface

过滤器来完成。

另一种解决方案是使用另一种格式（.vtk是旧格式）：

• 如果您想保存常规网格，可以使用

  vtkXMLImageDataWriter

  ，它使用 .vti 扩展名。
• 如果您想要非结构化网格，可以使用

  vtkXMLPolyDataWriter

  ，它使用 .vtp 扩展名并提供多边形网格。您还可以使用

  vtkXMLUnstructuredGridWriter

  ，它使用 .vtu 扩展名并且可以包含 3D 单元。

Answer 2

非常感谢。据我了解： 1 读取nifti文件（分段文件） 2 应用itktovtk过滤器 3 创建网格（使用vtkContourFilter） 4 最后将其转换为polydata并保存到.vtk文件

是这样吗？

Answer 3

图像和多边形网格是根本不同类型的数据。您不能只是将图像投射到网格中。

要获得网格，您需要进行某种类型的等值面提取。通常，您会选择一些图像强度作为表面的值，然后使用诸如移动立方体之类的算法来创建该值的网格。

在 VTK 中，您可以使用 vtkContourFilter 从图像创建网格。 VTK 示例网站上有许多示例演示如何使用过滤器。这是一个：

https://github.com/lorensen/VTKExamples/blob/master/src/Python/ImplicitFunctions/Sphere.py