如何更改dabestr_2023.9.12中dabest_plot函数中的调色板

Question

只想为此可视化添加自定义调色板。我尝试使用 Palette = c("colour1", "colour2",...) 和使用 custom_palette 手动添加它。什么都不起作用。有没有办法提取这些数据并在 ggplot2 中运行它？

这是我正在使用的代码： #dabestr中的多组分析

multi_groups <- load(data, x = Treatment, y = Total_CO2,
idx = list(
c("GB-L", "LDPE-L"),
c("GB-H", "LDPE-H"),
c("GF-L", "PA-L"),
c("GF-H", "PA-H") ))

print(multi_groups)

multi_groups.mean_diff <- mean_diff(multi_groups)
print(multi_groups.mean_diff)
multi_groups.mean_diff

#情节

dabest_plot(multi_groups.mean_diff) <--- THIS IS WHERE I WANT TO CHANGE THE COLOUR PALETTE

dabest_plot(multi_groups.mean_diff, palette = c("colour1", "colour2"... etc) - did not change the colours 

Answer 1

如果您查看

?dabest_plot

的文档，您会发现它只描述了两个命名参数，这两个参数都不控制颜色，但该函数还允许通过

...

传递额外的参数。

...

调整参数来控制和调整绘图的外观。 （所有可能的调整参数的列表可以在plot_kwargs下找到）

因此我们需要查找

?plot_kwargs

的文档来了解如何控制调色板。这里我们发现有一个说法叫

custom_palette

:

custom_palette

默认“d3”。细绳。以下调色板可供使用：npg、aaas、nejm、lancet、jama、jco、ucscgb、d3、locuszoom、igv、cosmic、uchicago、brewer、ordinal、viridis_d。

本质上，这些是你所坚持的调色板。虽然

dabest_plot

函数生成的最终对象是一个 ggplot 对象，但它实际上是一个

cowplot

类型的 ggplot，这意味着不能简单地向其添加新颜色和填充比例。

公平地说，有多种调色板可供选择，所有这些都给人一种相当专业的外观。

这是一个例子：

library(dabestr)

dabest_obj <- load(non_proportional_data,
                   x = Group, y = Measurement,
                   idx = c("Control 1", "Test 1", "Test 2", "Test 3"))

dabest_obj.mean_diff <- mean_diff(dabest_obj)

dabest_plot(dabest_obj.mean_diff, TRUE)

这里有不同的调色板：

dabest_plot(dabest_obj.mean_diff, TRUE, custom_palette = "igv")

从包的代码来看，添加完全可定制的调色板似乎并不是非常困难，但似乎这不是作者现在的优先事项。