knitr cache：如果数据文件改变而不是其他选项，则更新（例如，`fig.xyz`）

Question

假设我使用knitr，我有一个需要一段时间才能运行的块，如果文件发生变化，我希望这个块更新但是如果我改变fig.path则不需要。后者建议我应该更改cache chunk option to 1，但后来我不能使用here建议的校验和。

以下是markdown文件的示例

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title: "Example"
author: "Benjamin Christoffersen"
date: "September 2, 2018"
output: html_document
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```{r setup, include=FALSE}
data_file <- "~/data.RDS"
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, cache.extra = tools::md5sum(data_file))
```

```{r load_data}
dat <- readRDS(data_file)
```

```{r large_computation, cache = 1}
Sys.sleep(10)
Sys.time() # just to that result do not change
```

```{r make_some_plot}
hist(dat)
```

运行set.seed(1): saveRDS(rnorm(100), "~/data.RDS")和针织产量

然后运行set.seed(2): saveRDS(rnorm(100), "~/data.RDS")和针织产量

显示large_computation没有更新，因为cache.extra不在knitr:::cache1.opts向量中。当然，我可以保存md5sum结果，检查以前存储的文件并使用cache.rebuild或在large_computation块中执行类似的操作但是使用knitr解决方案会很好。我经常发现我改变了一些块选项（例如，dpi，fig.width和fig.height），因此使用cache = TRUE将无效。我想可以修改包以便能够向knitr:::cache1.opts添加选项。

Answer 1

如果我正确理解了这个问题，问题是如果cache.extra设置为cache，则不考虑1。事实上，this is by design。

如果外部文件（或更一般的：提供给cache = 1的某个值）发生更改，则所需的行为是使所有块的缓存（包括使用cache.extra的块）无效。

正如问题所述，实现这一目标的一种方法是使用chunk option cache.rebuild，但不是手动跟踪外部文件的变化，如果knitr的内置缓存功能，我会利用：

```{r cachecontrol, cache = TRUE, cache.extra = tools::md5sum(data_file)}
knitr::opts_chunk$set(cache.rebuild = TRUE)
```

将此作为早期块添加，如果data_file发生更改，则所有后续块的缓存都将失效。我们的想法是缓存控制后续块缓存的块 - 但前提是外部文件不变。

当然，只有在评估cachecontrol块之前没有更改全局块选项时，这才有效。

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问题的完整示例：

用不同的种子运行set.seed(1); saveRDS(rnorm(100), "data.RDS")来生成不同的外部文件，然后编织：

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title: "Invalidate all chunks condidional on external file (even if cache=1)"
output: html_document
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```{r}
data_file <- "data.RDS"
```

```{r cachecontrol, include = FALSE, cache = TRUE, cache.extra = tools::md5sum(data_file)}
# do NOT change global chunk options before this chunk
knitr::opts_chunk$set(cache.rebuild = TRUE)
```

```{r setup, include = FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, fig.width = 8)
```


```{r load_data}
dat <- readRDS(data_file)
```

```{r large_computation, cache = 1}
Sys.sleep(10)
Sys.time() # just to show that result do not change unless external file changes
```

```{r make_some_plot}
hist(dat)
```