ggplot分组条形图上的对数比例问题

Question

我正在尝试使用R中的ggplot2制作具有对数刻度的分组条形图。我的目标是在R中重新创建以下绘图。

因为生成它的程序无法制作高分辨率图形。我需要一个对数刻度，因为数字范围从1到超过1000，并且介于两者之间。

这是数据帧简化版的片段，以及我一直在使用的代码。我已经能够使用ggplot2创建绘图，但我的问题是我在数据中有很多1，最终被绘制为0，而0显示为-1。这是我的R情节的样子。

genus_counts <- read.table(text = "Genus variable value
1  Lepisosteus  JBGC462     0
2      Lepomis  JBGC462     6
3  Micropterus  JBGC462     2
4        Perca  JBGC462     2
5    Ictalurus  JBGC462     1
6  Lepisosteus   JBGC13    13
7      Lepomis   JBGC13     0
8  Micropterus   JBGC13     0
9        Perca   JBGC13     0
10   Ictalurus   JBGC13     0", header = TRUE)


ggplot(genus_counts, aes(x=Genus, y=value, fill=variable))+
      geom_bar(stat="identity", position="dodge")+
      scale_y_log10()

在数学上，我理解为什么会这样（并且条形图上的对数比例也不是很理想）。但是，还有另一种方法可以调整情节（或者我正在绘制的情节中的数字）以更接近我想要模仿的情节吗？

Answer 1

如果你使用scale_y_sqrt()，它看起来像这样，这似乎是你的示例情节的一个非常好的匹配。我添加了一个值为1000的行，以说明您可以看到像1和2这样的小值，以及大值。

Answer 2

您遇到的问题基本上与以下事实相关：具有正计数的条形或具有0计数的条形无限长。

查看更改y轴的轴范围时会发生什么：

genus_counts <- read.table(text = "Genus variable value
1  Lepisosteus  JBGC462     0
2      Lepomis  JBGC462     6
3  Micropterus  JBGC462     2
4        Perca  JBGC462     2
5    Ictalurus  JBGC462     1
6  Lepisosteus   JBGC13    13
7      Lepomis   JBGC13     0
8  Micropterus   JBGC13     0
9        Perca   JBGC13     0
10   Ictalurus   JBGC13     0", header = TRUE)


ggplot(genus_counts, aes(x=Genus, y=value, fill=variable))+
  geom_bar(stat="identity", position="dodge")+
  scale_y_log10(limits = c(0.1, 15))

在这种情况下，酒吧走向负面很长一段路。但是等等，我们可以走得更远：

ggplot(genus_counts, aes(x=Genus, y=value, fill=variable))+
  geom_bar(stat="identity", position="dodge")+
  scale_y_log10(limits = c(1e-100, 15))

仅当参考点为1时，对数刻度上的条形图才有意义，这样您就可以看到相对于1的值的变化，数字<1显示为向下的条形。 ggplot2正确处理这个问题。如果您尝试将参考点设为0，则所有条形将无限长，并且您无法选择合适的轴范围。

请注意，您作为示例显示的图表是错误的，因为它在y轴上的位置1处放置了0。值0在该图上不可见，并且所有条的长度都具有误导性。

最后，有人提到了平方根比例。它避免了无限长条的问题：

ggplot(genus_counts, aes(x=Genus, y=value, fill=variable))+
  geom_bar(stat="identity", position="dodge")+
  scale_y_sqrt(limits = c(0, 15), breaks = (0:4)^2)

我也不是这个解决方案的忠实粉丝，因为条形长度令人困惑。请注意对应于值6的条形仅为对应于值1的条形的2.5倍。我们的大脑误解了这些条形和锁定条形的相对长度，而不是y的数字。轴。