在柱状图中分割组别

Question

我有一个数据框架，其数值对应于两个独立的组，随着时间的推移进行评估。下面是模拟数据。

Gene Name. Sample S1. Sample S2. Sample S3. Sample R1. Sample R2. Sample R3.
Gene 1         4          5          3          3          39        44
Gene 2         4         100        33          3          32        14

我融化了我的数据框架，并使用summarySE函数编制了汇总统计。然后，我使用下面的脚本绘制了我的数据。

plot = ggplot(tgastats2, aes(x=Gene Name, y=value, fill=Sample)) 
  + geom_bar(position=position_dodge(), stat="identity") +
  + geom_errorbar(aes(ymin=value-se, ymax=value+se),
                  + width=.2,
                  + position=position_dodge(.9))

我想做的是把S1-3的值画在一起，把R1-3的值画在同一张图上，用一些空间隔开。如果能得到任何帮助，我将非常感激。

Answer 1

这里的数据在一个可重复的方式。

df <- data.frame(
  Gene_name=c('Gene 1', 'Gene 2'),
  Sample.S1=c(4,4), Sample.S2=c(5,100), Sample.S3=c(3,33),
  Sample.R1=c(3,3), Sample.R2=c(39,32), Sample.R3=c(44,14)
)

现在，一个解决方案。 正如你所指出的，我们需要 "融化 "数据集。 我倾向于使用 gather() 从 dplyr但 melt() 以类似的方式工作。

df1 <- df %>% gather(key='Sample', value='value', -Gene_name)

为了使 ggplot2 要知道您想以您所指示的方式对其进行分组，您需要对数据进行分类。 R和 ggplot 还不够聪明，不能理解S1、S2、S3是属于一起的，所以你要告诉R怎么做。 可能有很多方法可以分开和分类。 在没有看到你实际融化的df的情况下。tgastats2，我只能假设它与发布的例子类似。 我打算利用所有样本R1-R3都含有大写的 "R"，而其他样本则不含有。

df1$my_group <- ifelse(grepl('R',df1$Sample),'R','S')

然后你就可以绘制。

ggplot(df1, aes(x=Gene_name, y=value, fill=my_group)) +
  geom_col(position='dodge', color='black')

嗯... ... 这看起来不对。 这到底是怎么回事？ 好吧.., ggplot 分离的依据是 df1$my_group但每个组中都有3个值。 您可以通过使用 group= 美学之外 fill= 审美和 ggplot 会将它们完全分离出来。

ggplot(df1, aes(x=Gene_name, y=value, fill=my_group, group=Sample)) +
  geom_col(position='dodge', color='black')