awk 在与键值对应的列中打印一个值

Question

我想根据键值向文件添加一列。 我有 infile_chr"N".txt （其中 N 是从 1 到 22 的数字），并且我需要一个输出文件 (outfile.txt)，其中第一列是 N。

这里有一个输出文件的示例：

1 856108 0.02625
1 870806 0.02625
1 884635 0.02625
...
22 51111340 0.02625
22 51135384 0.02625

但是在输入文件中没有数字为N的列。这里输入文件“infile_chr1.txt”的前两行，标有**的地方可以找到我要打印的列：

**856108**  14774   908823  40  1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,    ()  0.025   0.024375    **0.02625** 0.975   0.02875
**870806**  55545   921716  40  1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,    ()  0.025   0.024375    **0.02625** 0.975   0.02875

我尝试使用以下代码：

for K in {1..22}; do awk '{$2="$K"; print $2,$1,$9}' infile_chr"$K".txt >> outfile.txt; done

但输出错误：

$K 856108 0.02625
$K 870806 0.02625
$K 884635 0.02625
$K 899937 0.02625
$K 908823 0.02625

有人可以帮助我吗？ 非常感谢。

Answer 1

您不需要进行 bash 循环。

awk

可以通过一个命令来完成此操作，如下所示：

awk 'FNR == 1 {f = FILENAME; gsub(/^infile_chr|\.txt$/, "", f)}
     {print f, $1, $9}' infile_chr* > output

cat output 

1 856108 0.02625
1 870806 0.02625
...
...
22 356102 0.08719
22 670808 0.05442

Answer 2

awk '{$2="$K"; print $2,$1,$9}'

这不是在GNU

AWK

中使用shell变量的正确方法，如果你想访问这样的变量，你应该使用

--assign var=val

或

-v var=val

。在这种特殊情况下，修复代码将导致

for K in {1..22}; do awk --assign K="$K" '{$2=K; print $2,$1,$9}' infile_chr"$K".txt >> outfile.txt; done

但您不需要 shell

for

装置，因为您可以向 GNU

AWK

的 ARGV 提供要使用的文件名。例如，如果我需要将第一列从 TAB 剪切的

file1.tsv

输出到

file10.tsv

，我可以通过

来做到这一点

awk 'BEGIN{for(i=1;i<=10;i+=1){ARGV[++ARGC]="file" i ".tsv"}}{print $1}'

说明：我在 AWK 中使用

for

循环，每次都会增加参数数量 (ARGC)，并将从

file

数字

.tsv

创建的名称放在 ARGV 数组的所需位置。

（在 GNU Awk 5.1.0 中测试）