仅使用下划线替换表格文件的空格（无标签，无行尾）

Question

我需要用下划线替换制表符分隔文件的空格（但保持制表和分割的行）。该文件由500万行和8列组成，这里以前两行为例：

Contig505_strand1_frame2_coord21-810    sp|Q06605|GRZ1_RAT Granzyme-like protein 1 OS=Rattus norvegicus PE=2 SV=1   32.245  245 153 6   5.15e-33    123
Contig505_strand1_frame2_coord21-810    sp|P36178|CTRB2_LITVA Chymotrypsin BII OS=Litopenaeus vannamei PE=1 SV=1    34.483  232 140 7   1.78e-32    122

现在我按顺序使用这些命令，但速度很慢......有更快的方法吗？

tr -s '\t' ';' <inputfile.txt >file2.txt
tr -s '[:blank:]' '_' <file2.txt >file3.txt
tr -s ';' '\t' <file3.txt >file4.txt

谢谢！

Answer 1

[:blank:]包含标签，所以我认为如果你想用一个下划线替换一个或空格，这可能会更好：

sed -E 's/ +/_/g' inputfile.txt > file2.txt

sed（流编辑）命令搜索一个或多个空格并用下划线替换它们。 'g'用于全局，意味着如果找到则在一行上多次替换。默认操作是仅替换第一个匹配项。