如何在Ubuntu上安装R包“RNetCDF”和“ncdf”？

Question

我想在 Ubuntu 中使用 R 软件包 RNetCDF 和 ncdf。

当我尝试

install.packages('RNetCDF')

或

install.packages('ncdf')

时，我收到类似的错误：

...
ncdf.c:3:20: fatal error: netcdf.h: No such file or directory
compilation terminated.
make: *** [ncdf.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘ncdf’
...
Warning message:
In install.packages("ncdf") :
  installation of package ‘ncdf’ had non-zero exit status

Ubuntu 存储库中的软件包

libnetcdf6

和

netcdf-bin

已安装。我还需要做其他事情吗？

Answer 1

您需要安装这些包的

-dev

才能获取编译包所需的标头。在这种情况下，您需要

libnetcdf-dev

、

udunits-bin

和

libudunits2-dev

Answer 2

就我而言，需要 libudunits2-dev 包。

sudo apt-get install libudunits2-dev

由于我从源代码安装了 NetCDF，因此我必须手动指定 lib 和 include 文件夹

的位置

install.packages("/home/user/Downloads/RNetCDF_1.6.1-2.tar.gz", 
repos = NULL,
type="source",
dependencies=FALSE,
configure.args="--with-netcdf-include=/usr/local/netcdf-4.2.1-build/include --with-netcdf-lib=/usr/local/netcdf-4.2.1-build/lib")

Answer 3

只是为了澄清，因为您最初的问题是在 R 中，并且修复是在 R 之外应用的。我最初尝试这样做

install.packages("libnetcdf-dev")，这不起作用。

相反，从 R 外部： sudo apt-get install libnetcdf-dev

这为我解决了问题。

Answer 4

在 Ubuntu 20.04 LTS 中，可以使用 bash（shell/终端）命令 sudo apt install r-cran-ncdf4 安装 ncdf4 软件包（

取代 ncdf

），包括所有依赖项。同样，对于 RNetCDF，您可以使用

sudo apt install r-cran-rnetcdf

。