我在同一文件夹中有 50 个 geotiff 文件。 它们全部代表世界不同地区的海拔数据。 我想合并某些 geotiff 文件,我发现 R 中的
mosaic
可能对我们有帮助。
我已将这些 geotiff 移至同一文件夹中,并编写了一个 R 脚本,如下所示:
setwd()
a<-list.files(pattern="*.tiff",file.name=TRUE)
combind<-merge(a,fun=mean)
但是,这个脚本返回了一个错误: as.data.frame(y) 中出现错误
请问我该如何改进我的脚本?
terra::vrt()
或 terra::mosaic()
由于
gdalUtils
似乎已经有一段时间没有维护了,您可以使用与我原来的答案类似的方法,只需使用更新的 terra
包,它是 raster
包的后继者:
library(terra)
vrt(
x = list.files(path = "folder/to/images", pattern = "*.tif$", full.names = TRUE),
filename = "dem.vrt"
)
# afterwards read it as if it was a normal raster:
dem <- rast("dem.vrt")
另一种可能性是使用
terra::mosaic()
。这使您可以更好地控制重叠像素中的聚合函数。为此,您首先使用 sprc()
对象列表中的 rast
创建一个栅格集合,然后使用 mosaic
将它们组合成一个栅格。
library(terra)
# vector of file names
fls <- list.files("your/folder", ".tif$", full.names = TRUE)
# list of rast objects
r_lst <- lapply(fls, rast)
# create spatial raster collection
coll <- sprc(r_list)
# combine all rasters
mosaic(coll, function = "mean")
gdalUtils
您可以利用强大的
GDAL
功能。根据我的经验,这些比纯 R 代码快得多。
我的方法是
library(gdalUtils)
:
首先,构建一个虚拟光栅文件(vrt):
library(gdalUtils)
setwd(...)
gdalbuildvrt(gdalfile = "*.tif", # uses all tiffs in the current folder
output.vrt = "dem.vrt")
然后,将虚拟光栅复制到实际的物理文件中:
gdal_translate(src_dataset = "dem.vrt",
dst_dataset = "dem.tif",
output_Raster = TRUE # returns the raster as Raster*Object
# if TRUE, you should consider to assign
# the whole function to an object like dem <- gddal_tr..
options = c("BIGTIFF=YES", "COMPRESSION=LZW"))
另一个纯粹的(可能慢)
raster
包解决方案是:
f <- list.files(path = "your/path", pattern = ".tif$", full.names = TRUE)
rl <- lapply(f, raster)
do.call(merge, c(rl, tolerance = 1))
您必须调整
tolerance
,因为光栅文件可能不会具有相同的来源。