我是 bioinfo 和 rna seq 分析的新手，用于人类和小鼠 mRNA 和 miRNA 分析。
我曾经使用脚本管道工作流来进行分析。这些管道使用 fastq、cutadapt、star 和 bowtie2 以及 FeaturesCounts 作为软件，但我只是让一些人说 Cutadapt、bowtie 和 Star 已经过时了。所以我只是没有地面哈哈。
这个脚本的大部分，比如我发现的 RNA-seq 管道，都与我已经使用的这个软件一起使用，文章只是针对仪表的分歧。
我的问题是现在有更好的工具了吗？他们是谁？你们有推荐用户友好且类似于脚本的管道/工作流程吗？？
感谢您的帮助。
我希望你一切都好。我只是想就您的问题寻求一些澄清。为了更好地理解您的查询，您能否提供更多有关您的 RNA-seq 数据所在上下文的信息？一旦我们获得了这些信息，您就可以继续设计一个生物信息学管道，该管道可以清理您的原始读数，将它们映射到所需的参考，并根据实验的特定条件计算表达数据。请记住，在为您的数据建立合理的管道时，考虑您的初始湿实验室条件非常重要。虽然没有必要使用最新的软件，但必须仔细考虑充分利用数据的最佳方法。