mselect函数的drc包在函数内部不起作用

Question

我想使用drc包中的mselec函数来选择剂量反应数据集的最佳模型。但是，如果在函数内部使用mselect，则mselect不起作用。

以下代码有效：

library(drc)
ryegrass.m1 <- drm(rootl~conc, data = ryegrass, fct = LL.4())

mselect(ryegrass.m1,list(LL.5(), LN.4(), W1.4(), W2.4()))

但不是这个：

best.fit=function(data){  
model1=drm(rootl~conc, data=data, fct=LL.4())
M1=drc::mselect(model1, list(LL.5(), LN.4(), W1.4(), W2.4()))
return(M1)
}

best.fit(ryegrass)

我认为问题与R中的环境有关，但我不知道如何修复它。有人可以帮我吗？

Answer 1

我设法像这样解决问题：

best.fit=function(data){
  mf <- match.call(expand.dots = FALSE)
  m <- match(c("data"), names(mf), 0L)
  data.name=as.character(mf[m])

  model1=eval(parse(text=paste0('drm(rootl~conc, data=',data.name, ',fct=LL.4())')))
  M1=drc::mselect(model1, list(LL.5(), LN.4(), W1.4(), W2.4()))
  return(M1)
}

best.fit(ryegrass)

应该有更好的方法来做到这一点，但至少它现在对我有用。

Answer 2

似乎update中的mselect函数在从函数内部运行时不访问原始数据帧。我的解决方案是在第34行添加一个data参数。

[1]     my_mselect <- function(...
...
[33]    tempObj <- try(update(object, fct = fctList[[i]],
[34]                          data = object$origData),    # <--- line added here
[35]                          silent = TRUE)

我还注意到，如果使用相对位置而不是原始名称，对模型变量的引用也不起作用，例如使用drm(data[, 1] ~ data[, 2], fct = LL.4())时。为避免这种情况，您可以在函数中使用临时数据框，根据需要设置变量名称，并在drm调用中使用这些名称。

best.fit <- function(data){
  tmp_data <- data
  names(tmp_data) <- c("Var1", "Var2")
  model1 <- drm(Var1 ~ Var2, data = tmp_data, fct = LL.4())
  M1 <- my_mselect(model1, list(LL.5(), LN.4(), W1.4(), W2.4()))
  return(M1)
}