在R，depmixS4包中获得转换矩阵

Question

我通过使用depmixS $包中的depmix（）和fit（）来构造一个2态HMM，并得到了一个depmix.fitted对象，它通过使用summary（）向我展示了转移概率矩阵。是否有可能提取转移概率矩阵并将其保存为向量？摘要（模型，=“过渡”）不起作用......

我找到的最简单的解决方案如下：

{a<-(depmix.fitted class)@transition[[1]]@parameters$coefficients
b<-(depmix.fitted class)@transition[[2]]@parameters$coefficients 

transmat<-matrix(data= c(a,b), ncol = 2, byrow = TRUE) #combine transition probabilities to the transition probabilities matrix }

Answer 1

您可以使用函数getpars()获取转移概率矩阵并将其另存为向量：

getpars(depmix.fitted)[3:6]

Answer 2

实际上是要求获得后验概率。例如，这是我运行的代码

  hmm <- depmix(returns ~ 1, family = gaussian(), nstates = 2, data=data.frame(returns=returns))
  hmmfit <- fit(hmm)
  post_probs <- posterior(hmmfit)

Answer 3

将您的建议与Irina Telina的建议相结合，并将其扩展为多个状态，您可以使用以下内容（忽略第一行来创建数据框）：

df_test<-setNames(data.frame(rnorm(100,mean=rnorm(1),sd=runif(1))),"returns")
numk<-5
for (i in 1:numk-1){
  df_test<-rbind(df_test,setNames(data.frame(rnorm(100,mean=rnorm(1),sd=runif(1))),
                                  "returns"))
}
hmm <- depmix(returns ~ 1, family = gaussian(), nstates = numk, data=df_test)
hmmfit <- fit(hmm)
trmat<-matrix(getpars(hmmfit)[(nstates(hmmfit)+1):(nstates(hmmfit)^2+nstates(hmmfit))],
              byrow=TRUE,nrow=nstates(hmmfit),ncol=nstates(hmmfit))