我试图根据值“,”从文件(exon coordinates.text)中读取和拆分值。我写的脚本看起来像这样:
input_dna = "input_dna.txt"
file_1 = open (input_dna).read().rstrip("\n")
exon_coordinates = "exon_coordinates.txt"
file_2 = open (exon_coordinates).read().rstrip("\n")
for line in file_2:
print (line)
positions = line.split (',')
print (positions)
start = int(positions [0])
stop = int(positions [1])
exon = file_1 [start:stop]
exon_coordinates.txt包含如下值:
0,10
19,27
38,44
input_dna.txt
包含如下DNA链:
ACTGATCGATTACGTATAGTAGAATTCTATCATACATATATATCGATGCGTTCATCTGATCGA
但是,当我打印位置时,输出如下:
0
['0']
,
['', '']
1
['1']
0
['0']
['\n']
1
['1']
9
['9']
,
['', '']
2
['2']
7
['7']
['\n']
3
['3']
8
['8']
,
['', '']
4
['4']
4
['4']
我在脚本中出错了或者我创建的exon_coordinates.txt文件出了什么问题?我是一名没有任何脚本编写经验的生物学家。我可能是一个非常基本的问题,但我真的很感谢你的帮助。非常感谢提前。
你正在将字符串('read'的结果)与字符串列表混合(你对for line in file_2
的期望,我想)也许这就是你读取file_2的意思:
with open (exon_coordinates) as file_2:
for line in file_2:
positions = line.strip().split(',')