单片机和DDRTree的安装

Question

我似乎无法安装bioconductor包'monocle'进行单细胞RNA测序分析。我的R版本是3.4.3，Bioconductor是3.6。我一直收到此错误消息，并单独安装DDRTree也失败。你知道我怎么解决这个问题吗？非常感谢。

biocLite（“monocle”）BioC_mirror：https://bioconductor.org使用Bioconductor 3.6（BiocInstaller 1.28.0），R 3.4.3（2017-11-30）。安装包'monocle'也安装依赖'DDRTree'

尝试网址'https://cran.rstudio.com/src/contrib/DDRTree_0.1.5.tar.gz'

Content type 'application/x-gzip' length 13728 bytes (13 KB)

下载了13 KB

尝试网址'https://bioconductor.org/packages/3.6/bioc/src/contrib/monocle_2.6.4.tar.gz'

Content type 'application/x-gzip' length 9497904 bytes (9.1 MB)

下载9.1 MB

• 安装源包'DDRTree'... **包'DDRTree'成功解包并检查MD5总和** libs /opt/centos/devtoolset-1.1/root/usr/bin/g++ -std = c ++ 11 -I / apps / well / R / 3.4.3 / lib64 / R / include -DNDEBUG -I“/gpfs0/apps/well/R/3.4.3/lib64/R/library/Rcpp/include”-I“/ gpfs​​0 / apps /well/R/3.4.3/lib64/R/library/RcppEigen/include“-I”/gpfs0/apps/well/R/3.4.3/lib64/R/library/BH/include“-I / usr / local / include -fpic -g -O2 -c DDRTree.cpp -o DDRTree.o / bin / sh：/opt/centos/devtoolset-1.1/root/usr/bin/g++：没有这样的文件或目录：** * [DDRTree.o]错误127错误：包'DDRTree'的编译失败
• 删除'/gpfs0/users/morris/u0302066/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/DDRTree'错误：依赖'DDRTree'不适用于'monocle'包
• 删除'/gpfs0/users/morris/u0302066/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/monocle'

下载的源包在'/ tmp / Rtmpcx6BJi / downloaded_pa​​ckages'安装路径不可写，无法更新包：BH，ChIPpeakAnno，ChIPseeker，DBI，DEXSeq，DT，FNN，Formula，GEOquery，GGally，GOSemSim，GWASTools，GenomicAlignments， GenomicFeatures，GenomicRanges，Gviz，HardyWeinberg，Hmisc，ICS，ICSNP，MASS，MCMCpack，Matrix，MultiAssayExperiment，NCmisc，NMF，R6，RCurl，RMySQL，RSQLite，RSpectra，RUnit，Rcpp，RcppArmadillo，RcppEigen，RcppParallel，Rtsne，SPAtest， ShortRead，StanHeaders，VGAM，VariantAnnotation，VennDiagram，XML，ade4，amap，annotate，ape，argparse，bigmemory，bindr，bindrcpp，biomaRt，bit，blob，bookdown，caTools，chron，classInt，cli，cluster，coda，commonmark， cowplot，curl，data.table，desc，devtools，digest，doParallel，dotCall64，dplyr，e1071，edgeR，ellipse，ensembldb，erma，evaluate，ff，ffbase，fgsea，fields，foreign，futile.options，getopt，ggbio， ggfortify，ggplot2，git2r，glmnet，glue，gmp，gtools，hexbin，highr，hms，htmlTable，html小部件，httpuv，igraph，内联，irlba，迭代器，knitr，lambda.r，格子，ldblock，limma，lmtest，logistf，loo，lubridate，maps，matrixStats，mclust，mgcv，老鼠，microbenchmark，mime，miniUI，mixOmics， munsell，mvtnorm，nlme，openssl，optparse，packrat，phangorn，pheatmap，pillar，pkgconfig，pkgmaker，plogr，plotly，plotrix，progress，psych，purrr，quantreg，rJava，ranger，reshape，rgl，rhandsontable，rjags，rjson， rlang，rmarkdown，rngtools，roxygen2，rpart，rprojroot，rstan，rstudioapi，rtracklayer，rvcheck，sandwich，scales，scater，scatterplot3d，sf，shape，shapes，shiny，shinyWidgets，shinydashboard，shinyjs，sm，snow，sourcetools，spam， spp，stringi，stringr，survey，survival，testthat，tibble，tidyr，tidyselect，truncnorm，units，utf8，viridis，viridisLite，withr，xgboost，xlsx，xml2，xtable，yaml，zoo警告信息：1：在install.packages中（pkgs = doing，lib = lib，...）：安装包'DDRTree'具有非零退出状态2：在install.packages中（pkgs = doing，lib = l ib，...）：'monocle'包的安装具有非零退出状态

Answer 1

找到一个假设我们有相同错误的工作。

退出R，

如果使用Windows删除DDRTree包文件夹

\Users\USER\Documents\R\win-library\3.5

重新加载R，没有任何包

跑

devtools::install_github("cole-trapnell-lab/DDRTree")