我正在尝试使用此代码与 GNU 并行运行我的 bash 脚本。
parallel -j$CPU_NUM 'mapping_test.sh fakechloroplast.fna {}' :::: test_files.tsv
但是,它不断读取 test_files.tsv 并出现错误(我文件中的第一个单词):
/usr/bin/bash: Citrus: command not found
/usr/bin/bash: Chondrus: command not found
/usr/bin/bash: Chlamydomonas: command not found
/usr/bin/bash: Volvox: command not found
/usr/bin/bash: Auxenochlorella: command not found
mapping_test.sh 应接收两个文件(fakechloroplast.fna 和 test_files.tsv)并在 while 循环中迭代 test_files.tsv。如何让它使用 test_files.tsv 作为文件的输入?
我尝试了
parallel -j$CPU_NUM 'mapping_test.sh' ::: fakechloroplast.fna ::: test_files.tsv
,但也没有成功。
/usr/bin/bash: fakechloroplast.fna: command not found