尝试在容器中运行 R 脚本

Question

我正在尝试运行一个名为 LINDA 的具有奇点的工具。我正在努力了解如何在容器中运行 R 脚本。到目前为止，我正在使用 slurm 运行下面的命令，但它说

SCRIPT_R

没有这样的文件或目录，鉴于我的路径很好，我怀疑我的命令中有另一个问题，但到目前为止无法弄清楚它是什么.

#!/bin/bash

#SBATCH --job-name=linda
#SBATCH --output=./log/linda.out
#SBATCH --error=./log/linda.err
#SBATCH --cpus-per-task=10
#SBATCH --mem=40G

WD="/my/working/directory"

LINDA_SINGULARITY_IMG="/directory/to/linda/image/linda_latest.sif"
SCRIPT_R=${WD}"/LINDA_script.R"

srun singularity run --cleanenv --bind ${WD}:/home ${LINDA_SINGULARITY_IMG} Rscript SCRIPT_R

Answer 1

通过像这样编辑最后一行来解决问题。

srun singularity run --cleanenv --bind ${WD}:/home ${LINDA_SINGULARITY_IMG} Rscript ${SCRIPT_R}