将具有非唯一节点的networkx图对象存储为graphviz文件

Question

我想在graphviz文件中存储具有非唯一节点的networkx对象。我已经使用标签在networkx中创建了非唯一节点。但是它只能够显示带有非唯一标签的节点。

G = nx.MultiDiGraph()
G.add_node(0)
G.add_node(1)
G.add_node(2)
labels = {0: 'a', 1: 'b', 2: 'a'}
pos=nx.spring_layout(G)
nx.draw_networkx_nodes(G,pos)
nx.draw_networkx_edges(G,pos)
nx.draw_networkx_labels(MG,pos,labels,font_size=16)

这给出了最后一条语句的返回值和输出：

return value: {0: Text(-0.6135625730904766, -0.6074010681652476, 'a'),
 1: Text(0.9319946933900001, -0.3925989318347525, 'b'),
 2: Text(-0.31843212029952345, 1.0, 'a')}

是否有办法从draw_networkx_labels获取此输出并使用它来创建graphviz文件。我在graphviz文件输出中需要非唯一节点。我正在尝试执行以下操作：

x = nx.draw_networkx_labels(G,pos,labels,font_size=16)
write_dot(x, "dot.gv")
s = Source.from_file('dot.gv')
s.view()

这将引发错误，因为nx.draw_networkx_labels不返回其在上面打印的对象。如果仅使用G对象，则不会使用标签“ a”和“ b”。另外，有没有更简单的方法可以在networkx中创建非唯一节点？

Answer 1

您正在将nodes与node labels混淆。在图中添加重复的节点没有任何意义。但是，您可以向图的现有节点添加非唯一标签。

看这段代码：

import networkx as nx

G = nx.MultiDiGraph()
G.add_nodes_from(list(range(5)))

labels = {
    0: 'a',
    1: 'b',
    2: 'a',
    3: 'c',
    4: 'd'}

G.add_edge(0, 1)
G.add_edge(2, 1)
G.add_edge(3, 2)
G.add_edge(3, 4)

# Add the labels as a separate attribute in each node
nx.set_node_attributes(G, labels, 'label')

pos=nx.spring_layout(G)
nx.draw_networkx_nodes(G,pos)
nx.draw_networkx_edges(G,pos)
nx.draw_networkx_labels(G,pos,labels,font_size=16)

现在要以graphviz文件格式保存图形：

from networkx.drawing.nx_agraph import write_dot
from graphviz import Source

write_dot(G, "dot.gv")
Source.from_file('dot.gv')

您可以根据自己的问题看到，标签名称将保留。您可以进一步阅读pygraphviz文档，以进一步操作所获得的图形。

参考：

• https://graphviz.readthedocs.io/en/stable/manual.html
• https://networkx.github.io/documentation/stable/reference/drawing.html
• http://pygraphviz.github.io/documentation/latest/pygraphviz.pdf

您可以签出this Google Colab notebook以获取上面显示的代码。