将多个csv文件导入pandas并连接到一个DataFrame中

问题描述 投票:258回答:12

我想从目录中读取几个csv文件到pandas并将它们连接成一个大的DataFrame。我虽然无法弄明白。这是我到目前为止:

import glob
import pandas as pd

# get data file names
path =r'C:\DRO\DCL_rawdata_files'
filenames = glob.glob(path + "/*.csv")

dfs = []
for filename in filenames:
    dfs.append(pd.read_csv(filename))

# Concatenate all data into one DataFrame
big_frame = pd.concat(dfs, ignore_index=True)

我想在for循环中需要一些帮助???

python pandas csv dataframe concatenation
12个回答
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如果您在所有csv文件中都有相同的列,那么您可以尝试下面的代码。我已经添加了header=0,以便在读取csv后,第一行可以指定为列名。

import pandas as pd
import glob

path = r'C:\DRO\DCL_rawdata_files' # use your path
all_files = glob.glob(path + "/*.csv")

li = []

for filename in all_files:
    df = pd.read_csv(filename, index_col=None, header=0)
    li.append(df)

frame = pd.concat(li, axis=0, ignore_index=True)

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使用map的一个班轮,但是如果你想指定额外的args,你可以这样做:

import pandas as pd
import glob
import functools

df = pd.concat(map(functools.partial(pd.read_csv, sep='|', compressed=None), 
                    glob.glob("data/*.csv")))

注意:map本身并不允许您提供额外的args。


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另一个带有列表理解的内联,允许使用read_csv参数。

df = pd.concat([pd.read_csv(f'dir/{f}') for f in os.listdir('dir') if f.endswith('.csv')])

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Easy and Fast

导入2个或更多csv,而无需列出名称。

import glob

df = pd.concat(map(pd.read_csv, glob.glob('data/*.csv'))

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darindaCoder's answer的替代方案:

path = r'C:\DRO\DCL_rawdata_files'                     # use your path
all_files = glob.glob(os.path.join(path, "*.csv"))     # advisable to use os.path.join as this makes concatenation OS independent

df_from_each_file = (pd.read_csv(f) for f in all_files)
concatenated_df   = pd.concat(df_from_each_file, ignore_index=True)
# doesn't create a list, nor does it append to one

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import glob, os    
df = pd.concat(map(pd.read_csv, glob.glob(os.path.join('', "my_files*.csv"))))

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Dask库可以从多个文件中读取数据帧:

>>> import dask.dataframe as dd
>>> df = dd.read_csv('data*.csv')

(来源:http://dask.pydata.org/en/latest/examples/dataframe-csv.html

Dask数据帧实现了Pandas数据帧API的子集。如果所有数据都适合内存,您可以通过call df.compute()将数据帧转换为Pandas数据帧。


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编辑:我google我的方式进入https://stackoverflow.com/a/21232849/186078。然而,最近我发现使用numpy进行任何操作然后将其分配给数据帧而不是在迭代的基础上操纵数据帧本身更快,它似乎也适用于此解决方案。

我真诚地希望任何人都能在这个页面上考虑这种方法,但是不要将这段巨大的代码作为评论附加在一起并使其不那么易读。

您可以利用numpy来加速数据帧连接。

import os
import glob
import pandas as pd
import numpy as np

path = "my_dir_full_path"
allFiles = glob.glob(os.path.join(path,"*.csv"))


np_array_list = []
for file_ in allFiles:
    df = pd.read_csv(file_,index_col=None, header=0)
    np_array_list.append(df.as_matrix())

comb_np_array = np.vstack(np_array_list)
big_frame = pd.DataFrame(comb_np_array)

big_frame.columns = ["col1","col2"....]

时间统计:

total files :192
avg lines per file :8492
--approach 1 without numpy -- 8.248656988143921 seconds ---
total records old :1630571
--approach 2 with numpy -- 2.289292573928833 seconds ---

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这里几乎所有的答案都是不必要的复杂(全局模式匹配)或依赖其他第三方库。您可以使用Pandas和python(所有版本)已经内置的所有内容在2行中执行此操作。

对于一些文件 - 1个班轮:

df = pd.concat(map(pd.read_csv, ['data/d1.csv', 'data/d2.csv','data/d3.csv']))

对于许多文件:

from os import listdir

filepaths = [f for f in listdir("./data") if f.endswith('.csv')]
df = pd.concat(map(pd.read_csv, filepaths))

这个设置df的pandas线使用了3个东西:

  1. Python's map (function, iterable)向函数(pd.read_csv())发送iterable(我们的列表),它是filepaths中的每个csv元素)。
  2. Panda的read_csv()函数正常读取每个CSV文件。
  3. 熊猫的concat()将所有这些带到一个df变量下。

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如果要以递归方式搜索(Python 3.5或更高版本),可以执行以下操作:

from glob import iglob
import pandas as pd

path = r'C:\user\your\path\**\*.csv'

all_rec = iglob(path, recursive=True)     
dataframes = (pd.read_csv(f) for f in all_rec)
big_dataframe = pd.concat(dataframes, ignore_index=True)

请注意,最后三行可以用一行表示:

df = pd.concat((pd.read_csv(f) for f in iglob(path, recursive=True)), ignore_index=True)

你可以找到** here的文档。此外,我使用iglobinstead的glob,因为它返回迭代器而不是列表。



编辑:多平台递归函数:

您可以将上述内容包装到多平台功能(Linux,Windows,Mac)中,这样您就可以:

df = read_df_rec('C:\user\your\path', *.csv)

这是功能:

from glob import iglob
from os.path import join
import pandas as pd

def read_df_rec(path, fn_regex=r'*.csv'):
    return pd.concat((pd.read_csv(f) for f in iglob(
        join(path, '**', fn_regex), recursive=True)), ignore_index=True)

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如果多个csv文件是压缩的,您可以使用zipfile来读取所有文件并连接如下:

import zipfile
import numpy as np
import pandas as pd

ziptrain = zipfile.ZipFile('yourpath/yourfile.zip')

train=[]

for f in range(0,len(ziptrain.namelist())):
    if (f == 0):
        train = pd.read_csv(ziptrain.open(ziptrain.namelist()[f]))
    else:
        my_df = pd.read_csv(ziptrain.open(ziptrain.namelist()[f]))
        train = (pd.DataFrame(np.concatenate((train,my_df),axis=0), 
                          columns=list(my_df.columns.values)))

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我觉得这个方法很优雅。

import pandas as pd
import os

big_frame = pd.DataFrame()

for file in os.listdir():
    if file.endswith('.csv'):
        df = pd.read_csv(file)
        big_frame = big_frame.append(df, ignore_index=True)
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