在 PE 文件的最新版本中，有一个存根向 MS DOS 用户显示句子
This program can not be run in DOS mode它仍然存在，因为没有简单的方法可以在不破坏文件格式的情况下删除它，而且似乎没有人认为每个可执行文件 38 字节值得这么麻烦。无论如何，截面对齐的要求几乎总是“浪费”更多很多。
在某个地方，有人仍在使用 DOS。而且，为了向后兼容问题，38 字节仍然需要存在。即使没有人使用 DOS。
您会惊讶地发现 Windows 代码为了保持向后兼容而经历了多少麻烦。
当 PE 格式推出时（1994 年，Windows NT 3.1），DOS 仍然很普遍。 Windows EXE 错误地从 DOS 运行的风险是非常真实的。因此他们需要使 Windows EXE 与 DOS 加载程序表面兼容。因此，在这种情况下，程序会执行某些操作（即打印消息并退出），而不是随机崩溃。
显然，以某种方式修改 DOS 加载程序以识别 Windows EXE 并不是一种选择。而且 DOS exe 标头中没有“平台/体系结构”标识符，就像在 PE 中一样 - 没有内置机制来防止将来引入不兼容性。此外，还有一些第三方 MS-DOS 兼容操作系统，带有自己的 EXE 加载程序（特别是 DR-DOS）。无论如何，“这是一个 Windows 程序，请在 Windows 下运行”是一条比一般的“此程序与您的系统不兼容”更友好的消息。一方面，它为 Windows 做广告。
DOS 存根也是旧版 16 位 Windows EXE 格式的一部分（“NE”代表“新可执行文件”）。存根的路径甚至是一个可设置的链接器参数，因此可以制作某种“胖二进制文件” - Windows 位将是您的 Windows 程序，而 DOS 存根将是相同的程序（即相同的功能）对于DOS。 AFAIK，很少有人利用过这一点。
虽然现在磁盘操作系统（DOS）已不再使用，但基本上是命令行（或控制台模式）的DOS模式仍然存在并且非常流行。 DOS-MODE 可能意味着命令行模式。控制台应用程序非常流行并且随处使用，尤其是在测试和开发环境中。