圆形图 - 具有相同Y轴的直方图

Question

我正在使用pakage circlize绘制两个不同床（数据帧）的直方图。我可以使用“circos.trackHist”函数在两个不同的轨道上做直方图，但是我无法比较它们，因为它们在Y轴上有不同的比例。此函数有一个参数来强制相同轨道的单元格之间的比例（force.ylim = TRUE），但我找不到一种方法来强制轨道之间的Y比例。

这可能吗？

Answer 1

嗯......我找到了这个解决方案。

要在特定轨道的单元格之间保持相同的Y比例，必须在函数“circus.trackList”中添加参数“force.ylim = TRUE”。例如：

circos.trackHist(sexpoints2$CHROMOSOME, sexpoints2$START, track.height = 0.1, col = "blue", border = NA, bin.size = 1000000, force.ylim=TRUE)

这样，自动计算y轴的范围。但是，如果您需要在整个轨道中强制确定y轴范围，可以按照以下步骤进行定义：

1-通过以下方式编辑“circos.trackHist”功能：

trace(circos.trackHist, edit = TRUE)

2-在新窗口内部使用函数“circos.trackPlotRegion”并通过参数“ylim =”定义y轴的新范围例如：

circos.trackPlotRegion(factors = fa, y = yy, track.height = track.height, 
    track.index = track.index, force.ylim = force.ylim, bg.col = bg.col, 
    bg.border = bg.border, bg.lty = bg.lty, bg.lwd = bg.lwd, 
    ylim = c(0, 15))

3-保存编辑，然后运行“circos.trackHist”功能。

这对于比较由不同数据构成的直方图轨迹很有用。

请享用。