R-markdown：python-logging软件包似乎导致了这个问题

Question

我正面临一个奇怪的问题，我可以追溯到python logging包。让我简要解释一下我想做什么：目标是用python创建html报告。我正在使用R rmarkdown包，它使用本地virtualenv运行python代码通过reticulate。

问题：一旦我安装python logging包rmarkdown在加载matplotlib时遇到问题。我写了一个小测试脚本来重现这个例子。

我的系统：

• Ubuntu 18.04仿生
• Python 2.7.15rc1

测试“1”脚本（没有logging）：

• 创建一个新的virtualenv（venv）。
• 使用venv/bin/pip安装matplotlib。
• 运行reticulate::import（最后通过rmarkdown::render）。

测试“2”脚本（使用logging）：

• 创建一个新的virtualenv（venv）。
• 除了第一个测试：通过logging安装venv/bin/pip。
• 使用venv/bin/pip安装matplotlib。
• 运行reticulate::import（最后通过rmarkdown::render）。

安装的模块（virtualenv）：

backports.functools-lru-cache 1.5    
cycler                        0.10.0 
kiwisolver                    1.0.1  
logging                       0.4.9.6 <- only for "test 2"
matplotlib                    2.2.3  
numpy                         1.15.1 
pip                           18.0   
pkg-resources                 0.0.0  
pyparsing                     2.2.0  
python-dateutil               2.7.3  
pytz                          2018.5 
setuptools                    40.2.0 
six                           1.11.0 
subprocess32                  3.5.2  
wheel                         0.31.1 

系统站点包具有相同的模块版本。

结果：来自测试1（没有logging）的所有测试都很好地工作。使用virtualenv时，测试2（使用loging）的测试失败。当调用rmarkdown::render（见下文）时，使用系统python安装（不是virtualenv）时，它们也很好用。

当reticulate安装在virtualenv中时，logging似乎有些奇怪。

测试脚本的输出（见下文）：

完整输出包括错误：

 ----------- no logging package installed ------------
Module(matplotlib)
Module(matplotlib)
 --------- with logging package installed ------------
Error in py_module_import(module, convert = convert) : 
  AttributeError: 'module' object has no attribute 'NullHandler'

Detailed traceback: 
  File "/home/retos/Downloads/venvtest/venv/lib/python2.7/site-packages/matplotlib/__init__.py", line 168, in <module>
    _log.addHandler(logging.NullHandler())
Calls: <Anonymous> -> py_module_import -> .Call
Execution halted
Module(matplotlib)

Module(matplotlib)输出是通过reticulate::import加载模块的成功消息。正如人们所看到的那样，只有一个测试失败，其中virtualenv与已安装的logging python模块一起使用。

有谁知道什么可能导致这些问题？我花了很多时间来确定错误的来源，但我现在有点迷失了......

测试脚本重现错误：

这是一个小的bash / shell脚本来重现我的测试。

#!/bin/bash
# New virtual environment and install matplotlib
echo " ----------- no logging package installed ------------"
if [ -d venv ] ; then rm -rf venv ; fi
virtualenv venv &>/dev/null > /dev/null
venv/bin/pip install matplotlib > /dev/null

# Print installed packages
Rscript -e "reticulate::use_python('venv/bin/python'); reticulate::import('matplotlib')"
Rscript -e "reticulate::import('matplotlib')"

# New virtual environment and install logging and matplotlib
echo " --------- with logging package installed ------------"
if [ -d venv ] ; then rm -rf venv ; fi
virtualenv venv > /dev/null
venv/bin/pip install logging > /dev/null
venv/bin/pip install matplotlib > /dev/null

# Print installed packages
Rscript -e "reticulate::use_python('venv/bin/python'); reticulate::import('matplotlib')"
Rscript -e "reticulate::import('matplotlib')"

我首先认为它与问题“ImportError: cannot import name cbook”有关，但解决方案没有奏效。

可以提前感谢！ [R

Answer 1

将became记录在2.3版本的Python库中包含的标准模块中。您不能从PyPI安装它。尽快删除它：

pip uninstall logging