构建 R 包以使用 ASAN

Question

背景：我正在开发一个使用 Rcpp 并包含一些 C++ 文件的包。我想用 ASAN 分析我的代码。我正在努力构建我的包。

到目前为止我做了什么

1. 我正在使用

   https://hub.docker.com/r/rocker/r-devel-san

   docker 容器，该容器附带预构建的 R（或 RD）来与 ASAN 配合使用。
2. 在此容器中，我可以运行带有

   -fsanitize=address

   标志的 C++ 脚本以获得有意义的 ASAN 输出。
3. 我的

   src/Makevars

   文件如下所示（并非所有标志都与此问题相关）：

CC = gcc -fsanitize=address -fno-omit-frame-pointer
CXX = g++
LDFLAGS = -fsanitize=address
PKG_CXXFLAGS = -fsanitize=address -fno-omit-frame-pointer -fno-sanitize-address-use-after-scope -D_GCL_RHACK_ -DGC_NO_MUTEX -m64 -ldl -lpthread -Wall -pipe -pedantic -Wno-unused -DNDEBUG -g -std=c++17
PKG_CFLAGS = -fsanitize=address -D_GCL_RHACK_ -fno-sanitize-address-use-after-scope

4. 要安装，我这样做（从包含我的包目录的目录

   foo

   ）：

RD CMD build foo
RD CMD install -l temp_lib/ foo_1.0.tar.gz

安装命令抛出以下错误（以及构建的最后一行）

-g -O2  -c loadpathutil.c -o loadpathutil.o
g++ -fsanitize=undefined,bounds-strict -fno-omit-frame-pointer -std=gnu++17 -shared -L/usr/local/lib/R/lib -L/usr/local/lib -o foo.so RcppExports.o Read.o Utilities.o Write.o gdxcc.o loadpathutil.o -L/usr/local/lib/R/lib -lR
** R
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded from temporary location
Error: package or namespace load failed for ‘foo’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
installing to /work/temp_lib/00LOCK-foo/00new/foo/libs

unable to load shared object '/work/temp_lib/00LOCK-foo/00new/foo/libs/foo.so':
  /work/temp_lib/00LOCK-foo/00new/foo/libs/foo.so: undefined symbol: __asan_option_detect_stack_use_after_return

我知道最终的包共享对象必须以某种方式链接到ASAN，但建议的解决方案

LDFLAGS

，

PKG_LDFLAGS

似乎没有帮助。

Answer 1

这是我为自己编写并自己使用的文档。

1. 下载并解压缩R源代码
2. 安装编译器

   clang

   。

   apt-get install clang

   应该完成这项工作
3. 打开

   config.site

   并在末尾添加以下内容

## clang-ASAN, clang-UBSAN:
CC="clang -fsanitize=address,undefined -fno-sanitize=float-divide-by-zero -fno-sanitize=alignment -fno-omit-frame-pointer"
CXX="clang++ -fsanitize=address,undefined -fno-sanitize=float-divide-by-zero -fno-sanitize=alignment -fno-omit-frame-pointer -frtti"
CFLAGS="-g -O3 -Wall -pedantic"
FFLAGS="-g -O2 -mtune=native"
CXXFLAGS="-g -O3 -Wall -pedantic"
MAIN_LD="clang++ -fsanitize=undefined,address"

export ASAN_OPTIONS='detect_leaks=0:detect_odr_violation=0'
export UBSAN_OPTIONS='print_stacktrace=1'
export RGL_USE_NULL="true"
export R_DONT_USE_TK="true"

4. 奔跑

./configure \
    --prefix=/opt/R/${R_VERSION} \
    --enable-memory-profiling \
    --enable-R-shlib \
    --with-blas \
    --with-lapack

5. 奔跑

   make

然后我们可以通过在

bin/R

中运行R并使用包

sanitizers

触发错误来检查它是否真的有效。

install.packages("sanitizers")
sanitizers::stackAddressSanitize(42)
sanitizers::heapAddressSanitize(10)