Python，使用Popen提交qsub作业

Question

我必须编写一个python脚本来使用qsub（SGE）提交作业。

我想要执行的命令是以下形式：

qsub -b y / usr / bin / L2prod filein fileout

其中L2prod是一个已编译的程序（二进制文件，这是-b y选项的原因），filein / fileout只是带有输入/输出文件名称的字符串。如果我打开一个shell并输入上一行，一切顺利。

在我的python程序中，我有：

... 
 args=['qsub -b y ', L2prod, filein, fileout] 
 log.info('executing: '+' '.join(map(str,args)))
 process=subprocess.Popen(args,shell=True)
...
etc.

并且日志文件中的输出是：

INFO：job_submit：execution：qsub -b y / usr / bin / L2prod /data/L1/20180414-222503_L1.txt/data/L2/20180414-222503_L2.txt

看日志似乎命令行是正确的，但我收到以下错误：

qsub：二进制作业所需的命令

并且没有提交任何工作。

似乎在.Popen（）方法中忽略了“-b y”选项。我究竟做错了什么？我认为shell = True选项会解决这个问题。

Answer 1

您必须将每个标志作为列表的单独字符串元素提供。第一行是不同的。

# args=['qsub -b y ', L2prod, filein, fileout]
args=['qsub', '-b', 'y', L2prod, filein, fileout] 
log.info('executing: '+' '.join(map(str,args)))
process=subprocess.Popen(args,shell=False)

为什么你应该避免使用shell = True参数。

https://medium.com/python-pandemonium/a-trap-of-shell-true-in-the-subprocess-module-6db7fc66cdfd