我有一个StringList的StringList
的System.out.println(Al.get(1))
AX225025 Equine influenza virus H3N8 // 8 (NS)
CAAAAGCAGGGTGACAAAAACATGATGGATTCCAACACTGTGTCAAGCTTTCAGGTAGACTGTTTTCTTT
GGCATGTCCGCAAACGATTTGCAGACCAAGAACTGGGTGATGCCCCATTCCTTGACCGGCTTCGCCGAGA
的System.out.println(Al.get(2))
>LC335987 A/mute swan/Shimane/3211A001/2017 2017/11/05 8 (NS)
CCAGAAGTCCCTAAAAGGAAGAGGTAGCACTCTTGGTCTGGACATCGAAACAGCCACTCGTGCAGGAAAG
CAGATAGTGGAGCAGATTCTGGAAGAGGAATCAGATGAGGCACTTAAAATGACCATTGCCTCTGTTCCTG
有没有办法跳过标题行,这样我就可以对序列进行分析,而不会完全将序列与序列分开?
您只需要在第一个换行符之后开始的输入的子字符串。这很简单:
private static String trimHeader(String input) {
return input.substring(input.indexOf('\n') + 1);
}
假设标题和序列行中有一个模式,您可以通过(NS)
对字符串进行拆分/标记
这将为您提供项目的序列
String sequence = AI.get(1).split("(NS)")[1]