如何在linux中使用sed或awk在负数或正数小数前添加空格

Question

我有一个如下所示的文件：

GENERSID1RSID2VALUE
ENSG00000242220rs2826052rs28260520.20961262553802
ENSG00000242220rs2826052rs798932040.00583452893352463
ENSG00000242220rs2826052rs117256228-0.003012912482066

我想在每个值之间添加空格，因此它应该看起来像：

GENE RSID1 RSID2 VALUE
ENSG00000242220 rs2826052 rs2826052 0.20961262553802
ENSG00000242220 rs2826052 rs79893204 0.00583452893352463
ENSG00000242220 rs2826052 rs117256228 -0.003012912482066

我在 sed 中使用了这个命令，我能够做到这一点：

sed“s/rs/ &/g” Model_training_chr21_covariances.txt > Model_training_chr21_covariances1.txt

sed“s/-0/ &/” Model_training_chr21_covariances1.txt > Model_training_chr21_covariances2.txt

ENSG00000242220 rs2826052 rs28260520.20961262553802
ENSG00000242220 rs2826052 rs798932040.00583452893352463
ENSG00000242220 rs2826052 rs117256228 -0.003012912482066

基本上负数-0.003现在已经分开了，但是0.209和0.0058没有分开，我只能在-0之前添加空格。值而不是 0。？ 有什么办法可以解决这个问题吗？ 谢谢你

Answer 1

您可以将所有正则表达式合并到一个 sed 命令中以节省一些处理时间。

sed -e 's/rs/ &/g' -e 's/-*0\./ &/' \
    Model_training_chr21_covariances.txt \
    > Model_training_chr21_covariances1.txt

-*  0 or more - characters 
0   a literal '0' 
\.  a literal '.'

Answer 2

假设：

• 第二个和第三个字段 始终 以字母

  rs

开头
• 字母

  rs

  不会出现在数据中的其他任何位置（除了第二/第三字段的前两个字符）
• 第四个字段始终以（可选

  -

  ）+

  0.

开头

调整和组合 OP 的

sed

脚本：

$ sed 's/rs/ &/g; s/[-]*.[.]/ &/g' sample.txt
GENERSID1RSID2VALUE
ENSG00000242220 rs2826052 rs2826052 0.20961262553802
ENSG00000242220 rs2826052 rs79893204 0.00583452893352463
ENSG00000242220 rs2826052 rs117256228 -0.003012912482066